Temario 2017.1

BIOLOGÍA DE PROCARIONTES

grupo

Semestre 2017-1

Profesora Teoría               Valeria Souza,  souza.valeria2@gmail.com

Profesor Laboratorio          Anaité Dafne Vaca Velasco, dafne.vavel@gmail.com

            vsouzaprocariontes2017.blogspot.com para postear sus ensayos de lecturas, que están en el dropbox https://www.dropbox.com/home/procariontes%202017-1

Clave: 1100                                        Modalidad: Asignatura fundamental.

Créditos: 10                                     

Horas por clase de teoría: 3               Horas Teórico-prácticas: 3

Horas por semestre teóricas: 48        Horas teórico-prácticas por semestres: 48

EVALUACIÓN

Calificación final:

50% Teoría

50% Laboratorio

Calificación de Teoría:

40% Exámenes a casa (2)

50% Tareas en equipo, Ensayos 2 cada 15 días obligatorios a partir de una colección de artículos sugeridos recientes. Los ensayos se subirán a un blog común del grupo y estarán abiertos para todo el grupo. La mayoría es material que viene en la revista Science y microbe de la ASM (American Association of Microbiology), las lecturas son en ingles, ni modo.

10% Exposiciones las bacterias y el hombre

TEMARIO

I. INTRODUCCIÓN 

11 agosto

Microbiología moderna, que estudia y como lo estudia.

Cuatro Cienegas coahuila, la paradoja del agua en el desierto.

18 de agosto

II. ORÍGEN DE LA VIDA Y EL ORIGEN DE LA DIVERSIDAD

II.1 La escala de tiempo: origen del universo, origen de la vida

II.2. Condiciones de la Tierra primitiva.

II.3. Archeano y los tapetes microbianos

II.4 La primera bola de hielo, el P y el hierro bandeado

II.5 Proteozoico un mundo de estromatolitos

II.6 Origen de los Eucariontes

II.7 Segunda bola de nieve y como cambio el mar

II.8 La explosión del Cámbrico le abre camino a los organismos grandes….y a sus parasitos y comensales…

25 de agosto entrega de lecturas.

1. Leroy Cronin y Sara Imari Walker. 2016. Beyond prebiotic chemistry. Science:352, 6290.

2. Robert F. Service
, 2016, Synthetic microbe has fewest genes, but many mysteries Science: 351, 6280, pp 1380

3. Laurel Hamers 2016, Why do cells’ power plants hang on to their own genomes? Science 351: 6276 903

III. METABOLISMO: Comida

25 agosto y 1 septiembre 

III.1 ATP

III.2 Membranas, reacciones redox  

III.3 Diversidad metabólica y la historia del erase una vez

Fermentación

Respiración anaerobia

Metanogénesis

Quimiolitotrofía

Fotosíntesis anoxigénica

III.4 El mundo ya tiene oxígeno.

Respiración aerobia y Fotosíntesis oxigénica.

Entrega de lecturas 8 septiembre

4. Thomas J. Lawton and Amy C. Rosenzweig. 2016, Methane, make it or break it. Science:352, 6288 pp 892.

5. Günter Fritz1 and Peter M. H. Kroneck  2016. Sulfate to go. Science, 350:6267 pp1476

6. Elizabeth B. Kujawinski, Mary Ann Moran, Aron Stubbins, and Rob Fatland 2016. The Ocean Microbiome: Metabolic Engine of the Marine Carbon Cycle Microbe, 11: 6 262-267.

IV. SISTEMÁTICA Y BIODIVERSIDAD

Septiembre 8

IV.1. Sistemática y Clasificaciones

IV.2. Biodiversidad de procariontes

IV.2.1 Dominio Eubacteria

IV.2.2 Dominio Archaea

Entrega de lectura 15 de septiembre

7. Emma Schwager, Chengwei Luo, Curtis Huttenhower, and Xochitl C. Morgan 2015 •Genomic Sequencing and Other Tools for Studying Microbial Communities. Microbe. 10:10, 419

8. Carol Potera 2016. Bacterial Diversity Is Dominant Feature in New Tree of Life. Microbe: 11, 7 pp 292

9. Karen Lloyd, 2015, Beyond known methanogens. Science 350:6259 pp384  

V. ECOLOGIA ¿quien se como que y cuando?

Septiembre 22 y 29

V 1. Papel de bacterias en el reciclaje de nutrientes

V 2. Biología Molecular y Metagenomica como herramienta de la ecología microbiana

V.3.Estilos de vida e interacciones con otros organismos

VI.3.1. Bacterias de vida libre.

VI.3.1 Parasitismo y Virus

VI.3.2 Mutualismo

VI.3.3 Otras interacciones

                        VI.3.4 Comunidades bacterianas

VI.3.5 Las bacterias como hospederos: bacteriófagos

VI.3.6 Depredadores de bacterias

Lecturas

Entrega de resumenes 29 de septiembre

10. Mary Ann Moran 2015.The global ocean microbiome. Science 350:6266 pp 1330

11. Marcia Stone 2016 Root and Gut Microbiomes  Are Strikingly Similar Microbe,11: 3 pp. 107

12. Eugene Rosenberg and Ilana Zilber-Rosenberg 2016. Bacterial Bleaching of Corals Leads to Hologenome Concept Microbe 11:1 pp. 27-31.

13. Shannon Weiman. 2016. Antibiotic Resistance Spreads through Diverse Species and Habitats, Part I Microbe 11:5 pp. 201-207

14. Julia K. Goodrich, Emily R. Davenport, Jillian L. Waters, Andrew G. Clark, Ruth E. Ley. 2016. Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome. Science, 352: 6285 pp 532-535. 

29 septiembre Primer examen a casa entregar 6 de octubre.

GENÉTICA y Sexualidad bacteriana

6 y 13 de octubre

            III.1. Genética bacteriana

                        III.1.1. Replicación

                        III.1.2. Transcripción

                        III.1.3. Traducción

                        III.1.4. Elementos genéticos móviles

                        III.1.5. Intercambio genético. Conjugación, transducción y
                        transformación

                        III.1.6. Consecuencias de la transferencia horizontal bacteriana

Entrega de lecturas 20 de octubre junto con modelo de ADN

15. Anna Karnkowska, Vojtech Vacek, Zuzana Zuba ́ cova ́ , ..., Joel B. Dacks, Cestmır Vlcek, Vladim ́ır Hampl 2016. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. Current Biology 26, 1274–1284

VI. MIGRACIÓN, ESPECIACIÓN Y EVOLUCIÓN

20 de octubre

 VI 1. Migración: todo esta en todos lados????

VI. 2. Aislamiento receta esencia de la divesificación

VI. 3. Microevolución y el origen de las especies.

VI. 4. Radiaciones adaptativas en el Archaeano, que nos dice la genómica comparada.

entrega de Lectura  27 de octubre

16. Michael Baym,* Laura K. Stone,* Roy Kishony 2016. Multidrug evolutionary strategies to reverse antibiotic resistance
 . Science 351:6268 pp 40. Si quieres saber mas lee el articulo completo y al entregar ese ensayo tienes mas puntos.

17. Meghan A. May 2016. Analyzing Evolvability To Anticipate New Pathogens. Microbe 11, 2, 75.

18. Andrew Lawler 2016. How Europe exported the Black Death. Science,352: 6285, pp 501

VII. LAS BACTERIAS Y EL HOMBRE

3 al 17 de noviembre.

discusión conjunta de los artículos

19. Frank Maixner et al., 2016. The 5300-year-old Helicobacter pylori genome of the Iceman. Science 351:6269, pp 162-165.

20. Mercedes Gomez de Agüero et al., 2016. The maternal microbiota drives early postnatal innate immune development. Science 351:6279, pp 1296-1302.

21. Jessica Miles, Jonathan F. Holt, and Jo Handelsman. 2015. Allies and Adversaries: Roles of the Microbiome in Infectious Disease. Microbe, 10: 9 pp 370-374

22. A. P. Alivisatos,
 et al., 2015,  A unified initiative to harness Earth’s microbiomes Science, 350: 6260. pp 507-508.

23. Martin J. Blaser 2016Antibiotic use and its consequences for the normal microbiome. Science 352: 6285 pp 544-545.

24. Kai Kupferschmidt 2016. RESISTANCE FIGHTERS. Science, 352: 6287 pp 758-761.

Examen a casa II, 17 octubre, 24 noviembre entrega de examen a casa y presentación de trabajo en semana de procariontes

Bibliografía:

Libros básicos:

Madigan, Martinko y Parker, 2000. Brock Biology of microorganisms. 9th edition. Prentice Hall, Inc. NJ. USA. (otras ediciones también sirven).

Staley, J.T., R.P. Gunsalus, S. Lory y J. Perry. (2007) Microbial Life. Sinauer Associates, Publishers.

Otros:

Lewin, 1998, Genes VIII.

B. Dixon, 1994, Power unseen, how microbes rules the world. W. H. Freeman, NY.

Nester, E., Anderson, D., Roberts, E., Nester, M. 2006. Microbiology a human perspective. McGraw-Hill Science. 811p

Pommerville, Jeffrey C. 2010. Alcamo's fundamentals of microbiology Sudbury, Massachusetts : Jones and Bartlett.

Wiley, J., Sherwood, L., Woolverton, C. (2009) Prescott/Harley/Klein´s Microbiology seven edition. McGraw-Hill Science. 1088p

Black, Jacquelyn G.(2008) Microbiology : Principles and explorations seven edition. Hoboken, New Jersey : J. Wiley, 422p.