FRANCO FLORES EMMANUEL Las secuencias de ADN a partir de un depósito formado por capas de carbón muestran que el metano (CH4) puede ser generado por inesperados y hasta hoy poco importantes microbios. Los recientes avances en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra se diferencia de estos organismos. Al igual que la mayoría de los ambientes de la Tierra, los depósitos de yacimientos de carbón contienen MDM y tienen el potencial genético para generar metano, los organismos en esa materia oscura microbiana (MDM) son ubicuos y numerosos, pero tienen fisiologías desconocidas. Dada su gran distancia evolutiva de todos los cultivos de laboratorio, estos misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas útiles, como aumentar la producción de gas natural de los pozos existentes. Algunos tienen diversas fisiologías y funciones ecológicas. Todos los metanógenos son Euryarchaeota (EC), en el dominio Archaea, debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, que se cree que es uno de los primeros metabolismos. Algunos estudios sobre estos organismos metanógenos, buscan los genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (MCRA). Un enfoque, que difiere de otros en que casi todo el ADN en el medio ambiente se secuencia, dice que los genomas pueden reconstruirse sin sesgo de preselección. Los genes MCRA que los autores atribuyen a la Bathyarchaeota (BC) coinciden con las frecuencias de cuatro letras del resto de los genes BC en su estudio y por lo tanto no pertenecen a otros microbios en la comunidad. Además, los genes MCRA difieren significativamente. Por tanto, es probable que estos genes, junto con otros componentes genéticos de la vía metanogénicas, se transfirieron verticalmente. Estos genes probablemente se originaron por lo tanto antes de este antiguo linaje divergente. La expansión de la metanogénesis a la BC proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la EC y BC. BC se han asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuestos aromáticos mediante la adición de un tercer tipo de metabolismo para el BC. Es imposible sacar prueba definitiva de que un organismo lleva a cabo un metabolismo particular, sobre la base de sus genes por sí solos. Además, la presencia de ellos en un lecho de carbón profundo, donde se sabe que la metanogénesis ocurre, apoya la posibilidad de que este es un tipo hasta ahora desconocido de metanogeno. Los procesos microbianos comunes en el medio ambiente pueden ocurrir a través de genes que han sido completamente perdidos en procesos de secuenciación de ADN anteriores. Debemos ampliar la comprensión de las funciones de los tipos específicos de genes en el medio ambiente. La secuencia de ADN diana del ADN ambiental debe coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizadas (cebadores) que están diseñados para coincidir con todas las secuencias diana conocidas. Debido a que sólo el ADN ambiental coincide con la secuencia de los cebadores se amplifica, este método se perderá el gen diana si diverge fuertemente de los cebadores. Se han encontrado homólogos de los nuevos genes de metanogénesis en otros reservorios de yacimientos de carbón, lo que demuestra la presencia de formas previamente no investigados de MCRA en esos entornos. Futuras investigaciones pueden encontrar más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, nuevos procesos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros. Esto es muy importante, en primer lugar porque nos muestra que dos microbios con funciones similares pueden tener un origen común, además que como el CH4 es un gas bastante valioso y útil en la vida cotidiana y tiene aplicaciones industriales, de descubrir la manera de potencializar su producción con estos organismos, tendríamos una producción de metano alternativa, eficiente y económica.
Los avances en secuenciación y análisis de DNA han permitido el descubrimiento de un mundo hasta ahora desconocido de microorganismos. Estos organismos se encuentran por todos lados, viviendo en la “materia negra microbiana”, desde ambientes anóxicos hasta el fondo del mar. Tienen grandes diferencias respecto de los demás microorganismo que se habían estudiado hasta el presente, lo cual implica que sus metabolismos son también desconocidos.
Una de las principales diferencias está en el gen mcrA (metil coenzima A reductasa), implicado en la producción de metano. Los genes mcrA que se han analizado son propios de la filia Bathyarchaeota, difiriendo ampliamente de los genes mcrA de otras arqueas. Esto sugiere que otros genes de la senda de producción de metano fueron transferidos verticalmente, es decir, de un ancestro común de las arqueas y no a través de virus. Dado que la producción de metano requiere los compuestos que estaban presentes en la Tierra primitiva en abundancia, se cree que la metanogénesis es de las primeras rutas metabólicas que se originaron, incluso anterior a la división de Euryarchaeas y Bathyarchaeas.
Además de la diferencia del genoma mcrA de este tipo de arqueas, existen otras razones para clasificarlas en una filia diferente, como sus fisiologías y funciones ecológicas diversas (degradación de materia derivada de proteínas y aromáticos), y que existen en lechos de carbón profundos. Todo ello hace evidente que los Bathyarchaeas son una filia diferente dentro del dominio arquea.
El descubrimiento de un grupo de microorganismos tan diferentes a lo que se conocía hasta ahora abre una veta para grandes aplicaciones biotecnológicas.
Karen Lloyd, 2015, Beyond known methanogens. Science 350:6259 pp384
Recientes avances de la secuenciación y análisis del DNA muestra que gran parte de la vida microbiana en la tierra se diferencia de otros organismos. Estos organismos viven en la materia negra microbiana, dicho organismos a nivel mundial son ubicos y numerosos pero tiene fisiologías en gran medida desconocidas. Dado su gran distancia evolutiva de esto misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas y aplicaciones biotecnológicas muy útiles. La mayoría de los yacimiento dcarbón del lecho de la tierra contiene materia oscura microbiana. Han buscado cualquiera de los genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (mcrA) que se encuentren en la metanogenesis cultivada. Los genes de mcrA que los autores atribuyen a Bathyarchaeota (derivada de lo depósitos carbo-cama) no pertenecen a otros microbios en la comunidad, por lo que es probable que se originaron antes de este antiguo linaje divergente. El soporte de para la colocación de Bathyatcheota como grupo de nivel phyum es que contiene especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas a si mismo Bathyarchaeota ha sido asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuesto aromáticos. La proteína mcrA inferida a partir del genoma de Bathyarchaeota tiene muchas de las características claves del sitio activo que sabemos que es esencial para la función de metanogenos cultivados. Este gen tiene de 10 a 18 bases de DNA que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente. Futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar mas adaptaciones genéticas para conocer procesos metabólicos o combinaciones de proceso que no se ven en cultivos puros. Me pareció muy interesante el articulo ya que nos muestra el gran avance de identificación y estudio de organismos con funciones vitales e importantes.
Beyond know methanogens En las actuales investigaciones se ha encontrado con que la vida microbiana como la vemos hoy en día, no es la misma que se ha descrito anteriormente, este proceso se ha identificado mediante secuenciación y anlisis de DNA. En esta “Materia oscura microbiana” se encuentra una gran cantidad de organismos, presentes en todos lados pero con fisiologías parcialmente desconocidas. Uno de estos lugares donde se encuentran, son los yacimientos de carbon, y es aquí donde se habla de los miembros del phylum Bathyarchaeota cuyo potencial genético es capaz de generar metano. Anteriormente, en los organismos metanógenos se habían buscado genes marcadores o metil coenzima M reductasa (mcrA), sin embargo estos estudios no fueron aplicados los metanógenos de los nuevos grupos taxónomicos o a aquellos que realizan metenogenésis por vías desconocidas. De acuerdo con las investigaciones sobre la reconstrucción de 2 genomas de Bathyarchaeota de secuencias de DNA derivadas de yacimientos de carbón, se brinda un enfoque diferente, ya que casi todo el DNA en el entorno se secuencia de modo que los genomas pueden ser reconstruidos sin sesgo de preselección. Aunado a esto, se cree que los genes de mcrA de Bathyarchaeota (diferentes a los genes descubiertos anteriormente) junto con otros componentes de la vía metanogénica fueron transferidos verticalmente y no como consecuencia de un virus o un trasposón recientemente. Por otro lado, se sabe que el Phylum Euryarchaeota perteneciente al dominio arquea, abarca los metanógenos cultivados y justamente la expansión de la metanogénesis al grupo Bathyarchaeota impulsa la teoría de la evolución de genes de la metanogénesis antes de la divergencia. Las bases para colocar a Bathyarchaeota como un grupo a nivel phylum se debe a su amplia distribución ambiental, su ramificada evolución y la variedad de especies con fisiologías y funciones diferentes, y debido a otro tipo de metabolismo presentado se vislumbra la amplia gama de capacidades fisiológicas que presentan. A pesar de eso, es muy difícil determinar un tipo de metabolismo particular en un organismo a partir de sus genes. Pero gracias a que estos organismos se presentan en yacimientos de carbón (donde ocurre metanogénesis) y los datos que arroja la proteína Mcr sobre su sitio activo, se apoya el concepto de que es un tipo de metanógeno desconocido. Para las futuras investigaciones se pretende revelar las nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos y descubrir procesos que no hayan sido vistos en cultivos puros. Con el conocimiento y manejo de estas funciones únicas se abre una nueva gama de aplicaciones biotecnológicas que sean de utilidad en diversos ámbitos.
Amanda Sofía Tovar Hernández Más allá de los metanógenos conocidos El artículo nos habla acdrca de secuencias de DNA de una reserva de yacimientos de carbón muestran que el metano puede ser generado por microbios inesperados Este artículo trata acerca de recientes avances en la secuenciación del ADN que muestran que mucha de la vida microbiana en la Tierra difiere de la vida previamente descrita.Los organismos dentro de esta materia obscura microbiana son omnipresentes en todo el mundo sin embargo tienen una fisiología desconocidas. Estos misteriosos organismos tienen funciones únicas con un uso potencial en aplicaciones biotecnologicas Como en la mayoría de los ambientes en la Tierra las capas de carbón contienen materia obscura microbiana, y esta materia obscura muestra miembros del phylum bathyarchaeota que tienen un potencial para generar metano las cuales si se ven favorablemente nutridas pueden incrementar la producción de gas natural Esta secuenciación genomica de microorganismos incultivados siempre han ayudado a la promesa de remover la preselección de los genotipos ya conocidos. Dos o tres desencajes son usualmente suficientes para prevenir la unión primaria. Claramente todas las uniones conocidas tendrán faltantes este mcrA gen en particular. Un tema muy interesante e importante para nuestros conocimientos acerca de la producción de dicho gas
Gracias a los avances en la secuenciación y el análisis del ADN se ha demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra de diferencia de otros organismos. Los organismos de una llamada “materia oscura microbiana” son muy numerosos y tienen muchas características fisiológicas desconocidas; pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas que son muy útiles. Los miembros de esta materia oscura de los yacimientos del carbón tienen el potencial genético pata generar metano. Sí el carbón esta bien nutrido se podría aumentar la producción de gas natural de los pozos que ya existen. Otros estudios sobre estos microbios generadores de metano buscan MCRA que se encuentra en los cultivos de metanógenos. Por lo que probablemente estos genes tienen origen desde antes de que este antiguo linaje divergió. Debido a que la metanogénesis requiere únicamente de sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida porque los metanógenos son miembros de la Euryarchaeota, en el dominio Archaea; su amplia distribución ambiental que va desde el subsuelo en altamar hasta los ambientes terrestres ayuda apoyando esta teoría. Procesos microbianos comunes en el medio ambiente pueden ocurrir a través de genes que han sido completamente perdidas en los esfuerzos de secuenciación de ADN. Para amplificar esta secuencia deben coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizado que están diseñadas para esto Con más investigaciones de este tipo es posible que se revelen más adaptaciones genéticas para los procesos metabólicos conocidos y también se podría descubrir procesos, incluso combinaciones de procesos, que no se observan en los cultivos puros. Es interesante conocer la forma en la que se genera el metano así como lo mucho que se puede saber con el metabolismo como lo es el hacer una teoría donde se dice que es uno de los primeros que existió en la tierra y la importación que conserva hoy en día.
Lloyd K, (2015). "Beyond known methanogens." Science 350:6259 pp384
Los recientes avances en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra se diferencia de los organismos anteriormente descritos. Los organismos de esta materia son numerosos y tienen tienen fisiologías en gran medida desconocidas. Dada su gran distancia evolutiva de todos los cultivos de laboratorio, estos misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas potencialmente útiles. Al igual que la mayoría de los ambientes de la Tierra, los depósitos de yacimientos de carbón contienen materia oscura microbiana. Las vetas de carbón tienen el potencial genético para generar metano y si está bien nutrido, podría aumentar la producción de gas natural de los pozos existentes. En estudios pasados se vio la generación de microbios metanógenos en cualquier entorno,como en depósitos de capas de carbón para buscar genes -genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (MCRA)- que se encontraban en los metanógenos. Reportaron la reconstrucción de dos genomas a partir de secuencias de ADN derivadas de depósitos en capas de carbón. Este enfoque difiere de las anteriores en que casi todo el ADN en el medio ambiente se secuencia, de modo que los genomas pueden reconstruirse sin sesgo de preselección. Por lo tanto, es probable que estos genes, junto con otros componentes genéticos de la vía metanogénica, se transfirieron verticalmente (en lugar de ser llevado recientemente por un virus o un transposón). Todos los metanógenos cultivadas son miembros de un solo filo, la Euryarchaeota, en el dominio Archaea. Debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, se cree que es uno de los metabolismos más tempranos de la vida. La expansión de la metanogénesis proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la Euryarchaeota y Bathyarchaeota. Esto dejar claro que se trata de un grupo nuevo de una amplia gama de capacidades fisiológicas. Además, la presencia de estos organismos en un lecho de carbón profundo, donde se sabe que la metanogénesis ocurre, apoya la posibilidad de que este es un tipo hasta ahora desconocido de metanógeno. La comprensión de las funciones de los tipos específicos de genes en el medio ambiente debe ser amplificada. Para amplificar, la secuencia de ADN diana del ADN ambiental debe coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizadas (cebadores) que están diseñados para coincidir con todas las secuencias diana conocidas. Debido a que sólo el ADN ambiental coincide con la secuencia de los cebadores y se amplifica, con este método se perderá el gen diana si diverge fuertemente de los cebadores. El gen MCRA que encontraron en el Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente. Dos o tres desajustes suelen ser suficientes para impedir la unión del cebador. Es evidente que todos los cebadores conocidos habrían perdido este gen MCRA en particular. Las futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además se pueden descubrir nuevos procesos o combinaciones de los procesos no vistos en cultivos puros. Estos son tipos de metanógenos totalmente nuevos, pero no por eso debemos dejar a un lado todo lo que sabemos acerca de los metanógenos, su importancia para el medio ambiente, su impacto global y en la biotecnología. Se están descubriendo nuevos microorganismos y esto hace que ampliemos nuestra visión de la vida tal como la entendemos aunque seguimos desconociendo la mayoría de sus partes y funciones. Pero esto no es un obstáculo para seguir investigando acerca de ellos para ampliar nuestros conocimientos.
En el artículo se mencionan los avances en el análisis de la secuenciación del ADN de los metanogenos, donde se ha demostrado que la vida microbiana ha diferido a partir de microorganismos anteriores, debido a la divergencia temprana entre Euryarchaeota y Bathyarchaeotalos. Por lo que se describe este nuevo filo (Bathyarchaeota), principalmente se dice que viene de una evolución ramificada y que contiene una amplia distribución ambiental, ya que van desde las zonas de alta mar hasta el subsuelo terrestre; también contiene especies con diferentes fisiologías y funciones, por lo que se establece como un filo muy diverso en comparación a los divergentes anteriores.
Su genoma tiene muchas de las características clave del cultivo de metanogenos en yacimientos de carbono, lo que demuestra que el proceso microbiano puede ocurrir a través de genes completamente perdidos, como el de las Bathyarchaeota que contiene materia oscura microbiana; pero se requiere una amplificación en la secuencia de un cebador con el del ADN ambiental para que coincidan las pequeñas hebras y puedan divergir. Gracias a estas investigaciones y descubrimientos se puede decir que futuras investigaciones de este tipo son propensas a revelar nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos, además de descubrir nuevos procesos o combinaciones de procesos no se ven en cultivos puros.
A mi punto de vista, esta divergencia en el nuevo filo corresponde a un gran descubrimiento en el desarrollo y metabolismo de los metanogenos desde su origen y por parte de los cebadores son un gran contribuyente en este tipo de divergencias en la secuencia de ADN. Cada una de estas nuevas investigaciones son un apoyo en el conocimiento de la vida y metabolismo original.
MARÍA JOSÉ BELMONT GARCÍA En este artículo Karen Lloyd del departamento de microbiología de la universidad de Tennessee en Knoxville nos habla de la "materia microbiana oscura" que se refiere a la vida microbiana que no había sido descrita, de la cual gracias a los avances científicos se ha podido analizar y secuencias el ADN encontrando así la existencia de organismos que poseen funciones que podrían tener múltiples aplicaciones en la biotecnología como es el caso de los organismos de filo Bathyarchaeota. Estos organismos, encontrados en los yacimientos de carbono, tiene la habilidad de generar metano gracias a que contiene el gen metil coenzima M reductasa (mcrA) pero a pesar de que este gen ya era conocido, la versión de este organismos es diferente. Este descubrimiento no sólo ha dando pauta para generar avances en biotecnología, también proporciona datos que apoyan a la teoría de la evolución de los gentes de la metanogenesis. Finalmente se llega a la conclusión de que este filo contiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con las comunes, bases que al no coincidir pueden evitar la unión. Estudios recientes siguen encontrado secuencias de ADN que codifican para genes de metanogenos lo que muestra que mucho de estas investigaciones no sólo brindarán apoyo a la tecnología a futuro, servirán para revelar las adaptaciones genéticas de diferentes organismos así como sus procesos y funciones.
MARÍA JOSÉ BELMONT GARCÍA En este artículo Karen Lloyd del departamento de microbiología de la universidad de Tennessee en Knoxville nos habla de la "materia microbiana oscura" que se refiere a la vida microbiana que no había sido descrita, de la cual gracias a los avances científicos se ha podido analizar y secuencias el ADN encontrando así la existencia de organismos que poseen funciones que podrían tener múltiples aplicaciones en la biotecnología como es el caso de los organismos de filo Bathyarchaeota. Estos organismos, encontrados en los yacimientos de carbono, tiene la habilidad de generar metano gracias a que contiene el gen metil coenzima M reductasa (mcrA) pero a pesar de que este gen ya era conocido, la versión de este organismos es diferente. Este descubrimiento no sólo ha dando pauta para generar avances en biotecnología, también proporciona datos que apoyan a la teoría de la evolución de los gentes de la metanogenesis. Finalmente se llega a la conclusión de que este filo contiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con las comunes, bases que al no coincidir pueden evitar la unión. Estudios recientes siguen encontrado secuencias de ADN que codifican para genes de metanogenos lo que muestra que mucho de estas investigaciones no sólo brindarán apoyo a la tecnología a futuro, servirán para revelar las adaptaciones genéticas de diferentes organismos así como sus procesos y funciones.
Joselin Judith Peña Herrera. Mas allá de los metanógenos conocidos.
Los avances que se han tenido recientemente en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra difiere de organismos anteriormente descritos; al igual que la mayoría de los ambientes de la tierra los depósitos de yacimientos de carbono tienen el potencial genético para generar metano; en estudios anteriores de microbios generadores de metano en cualquier entorno han buscado cualquiera de los genes taxonómicos reductasa metil coenzima M (MCRA), los genes encontrados en los metanógenos, cultivados debido a que se sabe que los genes de MCRA que los autores atribuyen a la Bathyarchaeota coincidan con las frecuencias de cuatro letras del resto de los genes Bathyarchaeota en su estudio y por lo tanto no pertenece a otro microbio en la comunidad; además lo genes de Bathyarchaeota MCRA difieren significativamente de genes MCRA todos descubiertos previamente, a lo que es probable que estos genes junto con otros componentes genéticos fueran transferidos por generaciones; la metanogénesis solo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, debido a esto se cree que es uno de los metabolismos mas tempranos de la vida, por lo tanto estos organismos no son tan bien conocidos, es imposible sacar prueba definitiva de que un organismo lleva a cabo un metabolismo particular, sobre la base de sus genes por si solos; sin embargo la proteína Mcr inferido a partir del genoma Bathyarchaeota tiene muchas de las características clave del sito activo conocido por ser esencial para su función methanogens, sabiendo esto cultivaron la presencia de estos organismos en un carbono donde se sabe que la metanogénesis a ocurrido, pero hasta ahora es un tipo de metanógeno desconocido. Evans muestra que el gen MCRA que encontraron en el Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente, por lo tanto es evidente que todos los cebadores conocidos habrían perdido este gen MCRA particular, pero han encontrado homólogos en otros reservorios de yacimiento de carbón, lo que demuestra la presencia de formas previamente no investigadas de MCRA en esos entornos; estos estudios pueden revelar en un futuro mas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos.
Los nuevos avances en secuenciación y análisis de DNA han llevado al descubrimiento de microbios diferentes a todos los previamente descritos, estos nuevos microorganismos pueden dar lugar a nuevas herramientas biotecnológicas.
Un ejemplo de esto son los miembros del phylum Bathyarchaeota, estudiados por Evans y otros colaboradores, que tienen el potencial genético para producir metano. Estos y otros microorganismos metanógenos que difieren de los conocidos por, por ejemplo, utilizar diferentes vías de producción de metano, no podían ser descubiertos ya que los estudios normalmente se basan en los genes de metanógenos que han sido cultivados.
Todos los metanógenos cultivados pertenecen al phylum Euryarchaeota y se cree que su metabolismo es uno de los más antiguos de la Tierra, ésta teoría es apoyada por el nuevo descubrimiento ya que implica la evolución de genes para la metanogénesis antes de la separación de estos phyla.
Quizás de las partes más importantes de este trabajo es que demuestra la facilidad con la cual ciertos genes que difieren de lo conocido pueden ser ignorados en la secuenciación de DNA, esto debido a que el primer paso para secuenciar DNA es ampliarlo, para lo cual se necesitan primers que emparejen con el inicio del gen de interés. La secuenciación de genomas permite evitar este problema, permitiendo el descubrimiento de nuevos microbios. Referencias Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
Karen Lizbeth Claro Mendoza En la física, la materia oscura, constituye alrededor de un cuarto de lo existente en el universo, el CERN tiene entre sus objetivos describir a este tipo de materia. En la biología, la materia oscura más representativa se encuentra en el mundo microbiano. Se conoce solo una pequeña parte de la gran diversidad que se calcula que existe en la Tierra. Muy pocas especies se han descrito con detalle.
En el artículo, se menciona que Evans y su equipo de trabajo demostró que miembros de la materia obscura microbiana del phylum Bathyarchaeota, de los depósitos de carbón, tienn el potencial genético de generar metano.
La reconstrucción del árbol de la vida mediante la secuenciación de genomas es esencial. Evans reportó en 2015 la reconstrucción de dos bathyarchaeotal genomas derivadas de reservas de depósitos de carbón. . Los genes de Bathyarchaeota mcrA difieren significativamente de los genes mcrA descubiertos anteriormente. Ya que esos genes fueron transferidos verticalmente y podrían haber tenido su origen antes de que la divergencia de otra archea se llevara a cabo.
La metanogénesis es un metabolismo que se cree es de los más antiguos por lo que su estudio profundo es de suma relevancia para encontrar las piezas faltantes en la historia de la evolución de la vida.
El descubrimiento de nuevos microorganismos traería consigo importantes aplicaciones biotecnológicas Es evidente que debido a la diversidad biológica, regirnos bajo un solo gen para clasificar la vida podría llegar complicar las cosas, sin embargo los científicos han hecho diversos avances y esfuerzos para conocer la materia obscura microbiana y encontrarle un lugar en el complejo árbol filogenético.
Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
Elsi Janet García González. Más allá de los metanógenos conocidos. Gracias a los avances de la secuencias y análisis del ADN se puede demostrar que un gran número de la vida microbiana se encuentran organismos que están dentro de la materia oscura, pero estos tienen fisiologías desconocidas y gracias a estudios de cultivos ehchos en laboratorio pueden tener funciones en aplicaciones biotecnológicas. Los yacimientos de carbón que se encuentran en la tierra contienen materia ocura, en los cuales se encuentran metanógenos pero en especial Bathyarcheota ya que tienen un potencial génetico para la generación de matano. Según Evans existe la reconstrucción de dos genomas bathyarcheota de secuencias de ADN derivadas de depositos de carbón es decir casi todo el ADN en ambiente medio se secuencia de forma que los genomas puedan reconstruirse sin preselección. Los metanógenos cultivados tienen en común que se establecen en un solo filo mientras que la Euryarcheota esta en el domino arquea. Los sustratos de la metanogénesis fueron abundantes en la tierra primitiva, en dónde se producia gran cantidad de metano por lo cual se encuentran los metabolismos más tempranos de la vida. Gracias a esta metanógenesis se puede situar la divergencia de la evolución de acuerdo a Bathyarcheota y Eurychaeota. La Bathyarteota también juega un papel dentro de la ecológica ya que se le ha asociado con la degradación de la materia derivada de proteína y de compuestos aromáticos. Aún no ha sido posible definir u metabolismo particular de los genes por si solos. La producción de metano a partir de la materia oscura difiere a un gran avance científico. Para determinar las secuencias de ADN se debe realizar a través de gens para poder amplificar los cambios de secuencias en el ADN. Gracias al trabajo de Evans estas secuenciación genomica de microorganismos se pueden identificar genotipos conocidos. Gracias a estos descubrimientos de la producción del metano se puede dar un gran avance dentro de la biotecnología. Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
Beyond known methanogens. DNA sequences from a coal-bed reservoir show that methane can be generated by unexpected microbes
El artículo gira en torno a estudios hechos por Evans que han implicado la caracterización del phylumal de las Bathyarchaeotal, cuestiones acerca del microbiano dark matter, la metanogénesis y cómo a partir de su estudio podemos juntar eslabones de la evolución y encontrar el punto de ramificación de las eucariotas a las bacterias.
Avances en el DNA y análisis han demostrado que la vida del microbio ha diferido en organismos previamente descritos. "Microbial dark matter " es ubicuo y numeroso pero tiene una larga desconocida fisiología que puede tener funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas.
Evans mostró que miembros del material oscuro microbiano tienen el potencial genético de generar metano y pueden incrementar el gas natural. Reportó también la reconstrucción de dos bathyarchaeotal genomas que se derivan de las secuencias de DNA sin vías preselectas. otro de sus aportes fue demostrar que los comunes procesos microbiológicos pueden ocurrir a través de los genes perdidos en las previas secuencias de DNA, sin embargo para una mayor compresión es necesaria una ampliación que implica una secuencia ambiental. Y aunque es imposible describir completamente el metabolismo con base únicamente genética. Demostró la prescencia de no investigadas formas del mcrA
La Bathyarchaeota se caracteriza también de la diversidad fisiológica y funciones ecológicas que poseen sus especies, ha sido asociada a la degradación de la materia derivada de la proteína. Estudios pasados de los generadores de metano en cualquier ambiente buscó para cualquier taxonomía genes mcrA en metanógenos cultivados que son miembros de Euryarchaeota porque la metanogénisis requiere sustratos que fueron abundantes en la Tierra primitiva y se piensa que fueron uno de los primeros metabolismos, en este gen encontraron que tiene de 10 a 18 "mismatched" bases de DNA en común, considerando que solamente se necesitan entre 2 y 3 para prevenir el primer eslabón y justo se encuentra en uno de los lugares previos evolutivos de la divergencia de la Eucaryarchaeota y Bathyarchaeotal, el soporte para esta teoría proviene de la amplia distribución y diversidad de los integrantes del phylum. Genes que enlazan frecuencias del resto del grupo y difieren significativamente de los anteriores descubiertos. Tienen otro componente genéticos de la ruta metanogénica que se transfiere verticalmente. Es un interesante artículo sobre todo por todos los descubrimientos que se enumeran a lo largo de éste que son claves para esta búsqueda incansable de reconstruir el árbol de la evolución de los microbios. Karen Lloyd, 2015, Beyond known methanogens. Science 350:6259 pp38
Las recientes secuenciaciones de DNA han mostrado que mucha de la vida microbio de la Tierra, menciona a los organismos inscritos en "materia negra microbial" poseen fisiología en gran parte desconocidos aún, de manera que pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas.
Utilizar el conocimiento único sobre los genes de un organismo no es lo suficientemente útil como para establecer una prueba definitiva de su metabolismo particular, así mismo se muestra que los organismos que forman parte de esta "materia negra" poseen capacidades como la de la generación de metano y la incrementación del gas natural. Evans muestra que los procesos microbios comunes realizados en el medio ambiente ocurren a través de genes que se han llegado a perder debido a la secuenciación de genes anteriores, para comprender el rol de los tipos de genes específicos, se requiere "amplificarlos".
Nos muestra la imagen del texto, que todos los metanógenos pertenecen a un sólo pyhlum, en el domino archea, esto se debe a que la metanogénesis requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, llevando así la idea de ser uno de los primeros metabolismos de la vida pues se encuentra antes de la divergencia entre la Euryarchaeota y Bathyarchaeota. El insaciable hambre del conocimiento científico ha llevado a estos estudios a solventarse con teorías sumamente concretas y que cada vez más se piensa saber sobre ésta, sin embargo es muy cierto que no estamos por nada cerca de conocerlo aún.
Articulo: Beyond known methanogens Alumna: Rodríguez Blanco Fernanda Actuales investigaciones sobre el análisis de ADN, muestran que gran cantidad de la vida microbiana existente difiere significativamente de otros organismos. Estos organismos proliferan en la materia oscura microbiana, tienen la característica de ser cosmopolitas y numerosos pero sobre todo poseen una fisiología distinta a todo lo que se conoce. Se piensa que pueden tener aplicaciones biotecnológicas de gran ayuda para el desarrollo de la ciencia. Nuevos estudios revelaron que el phylum Bathyarchaeota es capaz de generar metano; anteriormente estudios para saber sobre qué organismos son capaces de realizar metanogenesis no fueron aplicados a recientes grupos taxonómicos cómo resulta ser Bathyarchaeota. Ahora se sabe que los genes de mcrA de Bathyarchaeota no coinciden con las comunidades otros microbios, por lo que es probable que se hayan originado mucho antes a partir de un antiguo linaje divergente. Sin embargo todos los metanogenos cultivados son miembros de un solo phylum, Euryarchaeota, perteneciente al dominio arquea.Debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida. La expansión de la metanogénesis a Bathyarchaeota proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la Euryarchaeota y Bathyarchaeota. Las bases para colocar a Bathyarchaeota como un grupo a nivel phylum se deben a su amplia distribución ambiental y a contienen especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas. Futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además de descubrir nuevos mecanismos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros.
El artículo habla acerca del descubrimiento de organismos en materia oscura microbiana y su estudio a partir de la secuenciación de ADN. Estos organismos fueron encontrados en depósitos de carbón, quienes al ser estudiados, se descubrió que eran parte de un tipo nuevo de organismos productores de metano quienes forman la materia oscura a microbiana, lo que se refiere a que son organismos que no habían podido ser descritos antes y de quienes desconocemos muchas cosas, a pesar de que son sumamente abundantes y los podemos encontrar casi en cualquier parte del mundo. Su fisiología y metabolismos son significativamente diferentes a las de otros microorganismos previamente descritos, lo cual nos abre un mundo de posibilidades en cuanto a nuevas aplicaciones biotecnologicas y nos hace pensar en la posibilidad de que existan diferentes formas de adaptación a partir de un mismo tipo de metabolismo. A pesar de que estas bacterias son productoras de metano, su enzima encargada de esta función que es la metil coenzima M reductasa que les permite producir metano, difiere a la mcrA de otros organismos ya estudiados. Estas grandes diferencias se deben a que estas bacterias son evolutivamente diferentes ya que divergieron del phylum Euryarchaeota , creando el suyo propio (Bathyarchaeotalos) y transfiriendo sus genes de manera vertical. El hecho de que hayan divergido del phylum Euryarchaeota es una prueba más de que los genes implicados en los metabolismos metanógenos surgieron antes de que se diera esta separación de phyla, comprobando que este metabolismo es de los más antiguos , si no es que el más antiguo en la Tierra . Estas bacterias difieren de otras metanógenas en 10-18 pares de bases en el gen que codifica para su mcrA, el cual debido a que es diferente a DNA al previamente secuenciado para bacterias metanógenas restringe algunos estudios, debido a que esta variedad no era conocida hasta ahora. La potencialidad de encontrar mayor diversidad microbiana fisiológicamente hablando es un gran descubrimiento y brinda nuevas herramientas tanto como para conocer y estudiar la vida, y su evolución, así como para utilizar estos nuevos conocimientos en aplicaciones nuevas .
La secuenciación genómica es una herramienta que está teniendo cada vez más auge debido a su capacidad de secuenciar genomas no cultivables. En este caso, el filo Bathyarchaeota (que fue encontrado en reservas de carbón) pertenece a la denominada “materia oscura microbiana”, y por lo tanto no es cultivable. Este filo perteneciente al dominio Archaea divergió del filo Euryarchaeota (perteneciente igualmente al mismo dominio), al cual pertenecen las metanógenas cultivables. En el caso de Bathyarchaeota, también existen diversos microorganismos que producen metano. Lo importante de este reciente descubrimiento es la posible labor que pueden tener estos microbios de la “materia oscura” en el campo de la biotecnología, ya que si estos se nutren eficientemente, pueden aumentar la producción natural de gas. Estos microbios tienen una amplia distribución, la cual incluye las profundidades de los océanos y entornos anóxicos. El filo Bathyarchaeota se ha relacionado con la degradación de materia derivada de las proteínas y aromáticos. Sin embargo, este filo tiene una gran gama de capacidades fisiológicas. Debido a sus semejanzas con las metanógenas cultivables, a estos “nuevos” microorganismos se les ha denominado como metanógenas desconocidas. El problema de estos microorganismos es que no coinciden del todo con los genes de las metanógenas cultivables.
Creo que el artículo en algunas partes da cuenta sobre los posibles errores que se cometen en la secuenciación genómica, y por esto es que es tan difícil estudiar microorganismos no cultivables, los cuales abarcan la mayoría de las especies “conocidas”.
Omar Josue Obregón Portugal “Más allá de los metanógenos conocidos” Este artículo nos habla acerca de microorganismos generadores de metano, que a diferencia de otros metanógenos, son muy poco conocidos. Estos microorganismos poco conocidos se encuentran en “materia microbiana oscura”, ubicada generalmente en yacimientos de carbón. Estos misteriosos microorganismos podrían albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas potencialmente útiles. La “materia microbiana oscura” perteneciente al phylum Bathyarchaeota tiene el potencial genético de generar metano, esto gracias a la Metil coenzima M reductasa (mcrA). Los genes de la mcrA que se le atribuyen a la Bathyarchaeota son prácticamente exclusivos de esta, y por lo tanto no pertenecen a otros microbios de la comunidad. Además de que los genes de mrcA difieren significativamente de todos los genes mcrA descubiertos previamente. Existen otros metanógenos que si pueden ser cultivados, los cuales pertenecen al phylum Euryarchaeota, en el dominio de las arqueas. Debido a que la metanogénesis solo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra temprana, se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida. Una prueba que respalda esta teoría es el hecho de que los genes de la metanogénesis ya existían incluso antes de la divergencia entre Bathyarchaeota y Euryarchaeota, los cuales son microorganismos muy antiguos. Otra cosa importante de mencionar es que el phylum Bathyarchaeota se ha asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuestos aromáticos. También se espera que con futuras investigaciones se revele más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además de descubrir nuevos procesos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros. En lo personal este artículo me pareció muy interesante, ya que plantea varias cosas, como que organismos con funciones similares pueden tener un origen común, así como también el hecho de que los metanógenos en yacimientos de carbón podrían aumentar la producción de gas natural en los pozos ya existentes si están bien nutridos, lo que nos permitiría hacer más eficiente la obtención de gas metano en el futuro, por esto y por muchas cosas más es importante conocer acerca de los metanógenos, y la metanogénesis como uno de los primeros metabolismos de la vida.
Recientes avances en la secuenciación y análisis del DNA han mostrado cuanto difiere la vida microbiana en la tierra de organismos previamente clasificados. Los organismos categorizados como “la materia negra microbiana” se encuentran en todos los ambientes pero tienen fisiologías hasta ahora desconocidas. Los miembros de la materia negra bacteriana pertenecientes al phylum Bathyarchaeota forman lechos de carbono que tienen el potencial genético de generar metano. Los methanógenos de lechos de carbono pueden incrementar la producción natural de gas de pozos existentes. Estudios anteriores de microbios generadores de metano en cualquier ambiente incluyendo reservas de lechos de carbono han buscado marcadores taxonómicos o genes metil-coenzima M reductasa (mcrA) encontrados en metanógenas cultivadas. Cualquier metanógena que realice metanogénesis a través de un grupo taxonómico nuevo o a través de una ruta aún desconocida no puede ser hallada por estos estudios. Los genes mcrA de Bathyarchaeota difieren significativamente de todos los genes mcrA previamente descubiertos. Es probable que los genes, junto con otros componentes genéticos del ciclo metanogénico fueran transferidos verticalmente (en vez de ser insertados recientemente por un virus o un transposón) es probable que estos genes se originaran antes de que esta cepa divergiera. Todas las metanógenas cultivadas son miembros de un solo phylum, el Euryarcheota, en el dominio Archaea. Como la metanogénesis solo requiere substratos que eran abundantes en los principios de la tierra, se piensa que pueden tratarse de los primeros metabolismos. Expandir la metanogénesis a las Bathyarchaeota provee evidencias para esta teoría porque coloca la evolución de los genes por metanogénesis antes de la divergencia de los Euryarchaeota y Bathyarchaeota. Una característica de este phyla es que contienen especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas. Bathyarchaeota han sido asociadas con la degradación de materia derivada de proteínas. Es imposible marcar una prueba absoluta de que un organismo desarrolla un metabolismo particular basado únicamente en sus genes. La presencia de estos organismos en lechos de carbono apoya la posibilidad de que se trate de un tipo desconocido de metanógena. El gen mcrA encontrado en Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de DNA que no coinciden con los primers usados previamente, demostrando la presencia de formas de mcrA nuevas en esos ambientes. Se busca que futuras investigaciones revelen adaptaciones genéticas desconocidas a procesos metabólicos conocidos o procesos no vistos en cultivos puros.
FRANCO FLORES EMMANUEL
ReplyDeleteLas secuencias de ADN a partir de un depósito formado por capas de carbón muestran que el metano (CH4) puede ser generado por inesperados y hasta hoy poco importantes microbios. Los recientes avances en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra se diferencia de estos organismos.
Al igual que la mayoría de los ambientes de la Tierra, los depósitos de yacimientos de carbón contienen MDM y tienen el potencial genético para generar metano, los organismos en esa materia oscura microbiana (MDM) son ubicuos y numerosos, pero tienen fisiologías desconocidas.
Dada su gran distancia evolutiva de todos los cultivos de laboratorio, estos misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas útiles, como aumentar la producción de gas natural de los pozos existentes. Algunos tienen diversas fisiologías y funciones ecológicas.
Todos los metanógenos son Euryarchaeota (EC), en el dominio Archaea, debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, que se cree que es uno de los primeros metabolismos.
Algunos estudios sobre estos organismos metanógenos, buscan los genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (MCRA).
Un enfoque, que difiere de otros en que casi todo el ADN en el medio ambiente se secuencia, dice que los genomas pueden reconstruirse sin sesgo de preselección. Los genes MCRA que los autores atribuyen a la Bathyarchaeota (BC) coinciden con las frecuencias de cuatro letras del resto de los genes BC en su estudio y por lo tanto no pertenecen a otros microbios en la comunidad. Además, los genes MCRA difieren significativamente. Por tanto, es probable que estos genes, junto con otros componentes genéticos de la vía metanogénicas, se transfirieron verticalmente.
Estos genes probablemente se originaron por lo tanto antes de este antiguo linaje divergente.
La expansión de la metanogénesis a la BC proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la EC y BC.
BC se han asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuestos aromáticos mediante la adición de un tercer tipo de metabolismo para el BC.
Es imposible sacar prueba definitiva de que un organismo lleva a cabo un metabolismo particular, sobre la base de sus genes por sí solos. Además, la presencia de ellos en un lecho de carbón profundo, donde se sabe que la metanogénesis ocurre, apoya la posibilidad de que este es un tipo hasta ahora desconocido de metanogeno.
Los procesos microbianos comunes en el medio ambiente pueden ocurrir a través de genes que han sido completamente perdidos en procesos de secuenciación de ADN anteriores.
Debemos ampliar la comprensión de las funciones de los tipos específicos de genes en el medio ambiente. La secuencia de ADN diana del ADN ambiental debe coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizadas (cebadores) que están diseñados para coincidir con todas las secuencias diana conocidas. Debido a que sólo el ADN ambiental coincide con la secuencia de los cebadores se amplifica, este método se perderá el gen diana si diverge fuertemente de los cebadores. Se han encontrado homólogos de los nuevos genes de metanogénesis en otros reservorios de yacimientos de carbón, lo que demuestra la presencia de formas previamente no investigados de MCRA en esos entornos.
Futuras investigaciones pueden encontrar más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, nuevos procesos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros.
Esto es muy importante, en primer lugar porque nos muestra que dos microbios con funciones similares pueden tener un origen común, además que como el CH4 es un gas bastante valioso y útil en la vida cotidiana y tiene aplicaciones industriales, de descubrir la manera de potencializar su producción con estos organismos, tendríamos una producción de metano alternativa, eficiente y económica.
excelente nuevamente!! felicidades
DeleteGariglio Rangel Aldo Fabián
ReplyDeleteBeyond known methanogens
Los avances en secuenciación y análisis de DNA han permitido el descubrimiento de un mundo hasta ahora desconocido de microorganismos. Estos organismos se encuentran por todos lados, viviendo en la “materia negra microbiana”, desde ambientes anóxicos hasta el fondo del mar. Tienen grandes diferencias respecto de los demás microorganismo que se habían estudiado hasta el presente, lo cual implica que sus metabolismos son también desconocidos.
Una de las principales diferencias está en el gen mcrA (metil coenzima A reductasa), implicado en la producción de metano. Los genes mcrA que se han analizado son propios de la filia Bathyarchaeota, difiriendo ampliamente de los genes mcrA de otras arqueas. Esto sugiere que otros genes de la senda de producción de metano fueron transferidos verticalmente, es decir, de un ancestro común de las arqueas y no a través de virus. Dado que la producción de metano requiere los compuestos que estaban presentes en la Tierra primitiva en abundancia, se cree que la metanogénesis es de las primeras rutas metabólicas que se originaron, incluso anterior a la división de Euryarchaeas y Bathyarchaeas.
Además de la diferencia del genoma mcrA de este tipo de arqueas, existen otras razones para clasificarlas en una filia diferente, como sus fisiologías y funciones ecológicas diversas (degradación de materia derivada de proteínas y aromáticos), y que existen en lechos de carbón profundos. Todo ello hace evidente que los Bathyarchaeas son una filia diferente dentro del dominio arquea.
El descubrimiento de un grupo de microorganismos tan diferentes a lo que se conocía hasta ahora abre una veta para grandes aplicaciones biotecnológicas.
Karen Lloyd, 2015, Beyond known methanogens. Science 350:6259 pp384
bien
DeleteTeresa Guadalupe Mateos Pimentel
ReplyDeleteRecientes avances de la secuenciación y análisis del DNA muestra que gran parte de la vida microbiana en la tierra se diferencia de otros organismos. Estos organismos viven en la materia negra microbiana, dicho organismos a nivel mundial son ubicos y numerosos pero tiene fisiologías en gran medida desconocidas. Dado su gran distancia evolutiva de esto misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas y aplicaciones biotecnológicas muy útiles.
La mayoría de los yacimiento dcarbón del lecho de la tierra contiene materia oscura microbiana. Han buscado cualquiera de los genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (mcrA) que se encuentren en la metanogenesis cultivada. Los genes de mcrA que los autores atribuyen a Bathyarchaeota (derivada de lo depósitos carbo-cama) no pertenecen a otros microbios en la comunidad, por lo que es probable que se originaron antes de este antiguo linaje divergente. El soporte de para la colocación de Bathyatcheota como grupo de nivel phyum es que contiene especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas a si mismo Bathyarchaeota ha sido asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuesto aromáticos. La proteína mcrA inferida a partir del genoma de Bathyarchaeota tiene muchas de las características claves del sitio activo que sabemos que es esencial para la función de metanogenos cultivados. Este gen tiene de 10 a 18 bases de DNA que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente.
Futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar mas adaptaciones genéticas para conocer procesos metabólicos o combinaciones de proceso que no se ven en cultivos puros.
Me pareció muy interesante el articulo ya que nos muestra el gran avance de identificación y estudio de organismos con funciones vitales e importantes.
bien
DeleteLópez Velázquez Nadia Saray
ReplyDeleteBeyond know methanogens
En las actuales investigaciones se ha encontrado con que la vida microbiana como la vemos hoy en día, no es la misma que se ha descrito anteriormente, este proceso se ha identificado mediante secuenciación y anlisis de DNA.
En esta “Materia oscura microbiana” se encuentra una gran cantidad de organismos, presentes en todos lados pero con fisiologías parcialmente desconocidas. Uno de estos lugares donde se encuentran, son los yacimientos de carbon, y es aquí donde se habla de los miembros del phylum Bathyarchaeota cuyo potencial genético es capaz de generar metano.
Anteriormente, en los organismos metanógenos se habían buscado genes marcadores o metil coenzima M reductasa (mcrA), sin embargo estos estudios no fueron aplicados los metanógenos de los nuevos grupos taxónomicos o a aquellos que realizan metenogenésis por vías desconocidas.
De acuerdo con las investigaciones sobre la reconstrucción de 2 genomas de Bathyarchaeota de secuencias de DNA derivadas de yacimientos de carbón, se brinda un enfoque diferente, ya que casi todo el DNA en el entorno se secuencia de modo que los genomas pueden ser reconstruidos sin sesgo de preselección. Aunado a esto, se cree que los genes de mcrA de Bathyarchaeota (diferentes a los genes descubiertos anteriormente) junto con otros componentes de la vía metanogénica fueron transferidos verticalmente y no como consecuencia de un virus o un trasposón recientemente.
Por otro lado, se sabe que el Phylum Euryarchaeota perteneciente al dominio arquea, abarca los metanógenos cultivados y justamente la expansión de la metanogénesis al grupo Bathyarchaeota impulsa la teoría de la evolución de genes de la metanogénesis antes de la divergencia. Las bases para colocar a Bathyarchaeota como un grupo a nivel phylum se debe a su amplia distribución ambiental, su ramificada evolución y la variedad de especies con fisiologías y funciones diferentes, y debido a otro tipo de metabolismo presentado se vislumbra la amplia gama de capacidades fisiológicas que presentan. A pesar de eso, es muy difícil determinar un tipo de metabolismo particular en un organismo a partir de sus genes. Pero gracias a que estos organismos se presentan en yacimientos de carbón (donde ocurre metanogénesis) y los datos que arroja la proteína Mcr sobre su sitio activo, se apoya el concepto de que es un tipo de metanógeno desconocido.
Para las futuras investigaciones se pretende revelar las nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos y descubrir procesos que no hayan sido vistos en cultivos puros. Con el conocimiento y manejo de estas funciones únicas se abre una nueva gama de aplicaciones biotecnológicas que sean de utilidad en diversos ámbitos.
muy bien
DeleteAmanda Sofía Tovar Hernández
ReplyDeleteMás allá de los metanógenos conocidos
El artículo nos habla acdrca de secuencias de DNA de una reserva de yacimientos de carbón muestran que el metano puede ser generado por microbios inesperados
Este artículo trata acerca de recientes avances en la secuenciación del ADN que muestran que mucha de la vida microbiana en la Tierra difiere de la vida previamente descrita.Los organismos dentro de esta materia obscura microbiana son omnipresentes en todo el mundo sin embargo tienen una fisiología desconocidas.
Estos misteriosos organismos tienen funciones únicas con un uso potencial en aplicaciones biotecnologicas
Como en la mayoría de los ambientes en la Tierra las capas de carbón contienen materia obscura microbiana, y esta materia obscura muestra miembros del phylum bathyarchaeota que tienen un potencial para generar metano las cuales si se ven favorablemente nutridas pueden incrementar la producción de gas natural
Esta secuenciación genomica de microorganismos incultivados siempre han ayudado a la promesa de remover la preselección de los genotipos ya conocidos.
Dos o tres desencajes son usualmente suficientes para prevenir la unión primaria. Claramente todas las uniones conocidas tendrán faltantes este mcrA gen en particular. Un tema muy interesante e importante para nuestros conocimientos acerca de la producción de dicho gas
mal redactado y confuso
DeleteMÉRIDA ESCUDERO KARLA DANIELA
ReplyDelete“Beyond known methanogen”
Gracias a los avances en la secuenciación y el análisis del ADN se ha demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra de diferencia de otros organismos.
Los organismos de una llamada “materia oscura microbiana” son muy numerosos y tienen muchas características fisiológicas desconocidas; pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas que son muy útiles.
Los miembros de esta materia oscura de los yacimientos del carbón tienen el potencial genético pata generar metano. Sí el carbón esta bien nutrido se podría aumentar la producción de gas natural de los pozos que ya existen.
Otros estudios sobre estos microbios generadores de metano buscan MCRA que se encuentra en los cultivos de metanógenos. Por lo que probablemente estos genes tienen origen desde antes de que este antiguo linaje divergió. Debido a que la metanogénesis requiere únicamente de sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida porque los metanógenos son miembros de la Euryarchaeota, en el dominio Archaea; su amplia distribución ambiental que va desde el subsuelo en altamar hasta los ambientes terrestres ayuda apoyando esta teoría.
Procesos microbianos comunes en el medio ambiente pueden ocurrir a través de genes que han sido completamente perdidas en los esfuerzos de secuenciación de ADN. Para amplificar esta secuencia deben coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizado que están diseñadas para esto
Con más investigaciones de este tipo es posible que se revelen más adaptaciones genéticas para los procesos metabólicos conocidos y también se podría descubrir procesos, incluso combinaciones de procesos, que no se observan en los cultivos puros.
Es interesante conocer la forma en la que se genera el metano así como lo mucho que se puede saber con el metabolismo como lo es el hacer una teoría donde se dice que es uno de los primeros que existió en la tierra y la importación que conserva hoy en día.
Lloyd K, (2015). "Beyond known methanogens." Science 350:6259 pp384
bien
DeleteReyes Torres Anya Miranda
ReplyDeleteLos recientes avances en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra se diferencia de los organismos anteriormente descritos. Los organismos de esta materia son numerosos y tienen tienen fisiologías en gran medida desconocidas. Dada su gran distancia evolutiva de todos los cultivos de laboratorio, estos misteriosos organismos pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas potencialmente útiles. Al igual que la mayoría de los ambientes de la Tierra, los depósitos de yacimientos de carbón contienen materia oscura microbiana.
Las vetas de carbón tienen el potencial genético para generar metano y si está bien nutrido, podría aumentar la producción de gas natural de los pozos existentes. En estudios pasados se vio la generación de microbios metanógenos en cualquier entorno,como en depósitos de capas de carbón para buscar genes -genes marcadores taxonómicos o genes metil coenzima M reductasa (MCRA)- que se encontraban en los metanógenos. Reportaron la reconstrucción de dos genomas a partir de secuencias de ADN derivadas de depósitos en capas de carbón. Este enfoque difiere de las anteriores en que casi todo el ADN en el medio ambiente se secuencia, de modo que los genomas pueden reconstruirse sin sesgo de preselección. Por lo tanto, es probable que estos genes, junto con otros componentes genéticos de la vía metanogénica, se transfirieron verticalmente (en lugar de ser llevado recientemente por un virus o un transposón). Todos los metanógenos cultivadas son miembros de un solo filo, la Euryarchaeota, en el dominio Archaea. Debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, se cree que es uno de los metabolismos más tempranos de la vida. La expansión de la metanogénesis proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la Euryarchaeota y Bathyarchaeota. Esto dejar claro que se trata de un grupo nuevo de una amplia gama de capacidades fisiológicas.
Además, la presencia de estos organismos en un lecho de carbón profundo, donde se sabe que la metanogénesis ocurre, apoya la posibilidad de que este es un tipo hasta ahora desconocido de metanógeno. La comprensión de las funciones de los tipos específicos de genes en el medio ambiente debe ser amplificada. Para amplificar, la secuencia de ADN diana del ADN ambiental debe coincidir con pequeñas hebras de ADN sintetizadas (cebadores) que están diseñados para coincidir con todas las secuencias diana conocidas. Debido a que sólo el ADN ambiental coincide con la secuencia de los cebadores y se amplifica, con este método se perderá el gen diana si diverge fuertemente de los cebadores.
El gen MCRA que encontraron en el Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente. Dos o tres desajustes suelen ser suficientes para impedir la unión del cebador. Es evidente que todos los cebadores conocidos habrían perdido este gen MCRA en particular. Las futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además se pueden descubrir nuevos procesos o combinaciones de los procesos no vistos en cultivos puros. Estos son tipos de metanógenos totalmente nuevos, pero no por eso debemos dejar a un lado todo lo que sabemos acerca de los metanógenos, su importancia para el medio ambiente, su impacto global y en la biotecnología. Se están descubriendo nuevos microorganismos y esto hace que ampliemos nuestra visión de la vida tal como la entendemos aunque seguimos desconociendo la mayoría de sus partes y funciones. Pero esto no es un obstáculo para seguir investigando acerca de ellos para ampliar nuestros conocimientos.
muy bien, buen trabajo
DeleteSANCHEZ FUENTES ROCIO SARAHI
ReplyDeleteEn el artículo se mencionan los avances en el análisis de la secuenciación del ADN de los metanogenos, donde se ha demostrado que la vida microbiana ha diferido a partir de microorganismos anteriores, debido a la divergencia temprana entre Euryarchaeota y Bathyarchaeotalos. Por lo que se describe este nuevo filo (Bathyarchaeota), principalmente se dice que viene de una evolución ramificada y que contiene una amplia distribución ambiental, ya que van desde las zonas de alta mar hasta el subsuelo terrestre; también contiene especies con diferentes fisiologías y funciones, por lo que se establece como un filo muy diverso en comparación a los divergentes anteriores.
Su genoma tiene muchas de las características clave del cultivo de metanogenos en yacimientos de carbono, lo que demuestra que el proceso microbiano puede ocurrir a través de genes completamente perdidos, como el de las Bathyarchaeota que contiene materia oscura microbiana; pero se requiere una amplificación en la secuencia de un cebador con el del ADN ambiental para que coincidan las pequeñas hebras y puedan divergir. Gracias a estas investigaciones y descubrimientos se puede decir que futuras investigaciones de este tipo son propensas a revelar nuevas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos, además de descubrir nuevos procesos o combinaciones de procesos no se ven en cultivos puros.
A mi punto de vista, esta divergencia en el nuevo filo corresponde a un gran descubrimiento en el desarrollo y metabolismo de los metanogenos desde su origen y por parte de los cebadores son un gran contribuyente en este tipo de divergencias en la secuencia de ADN. Cada una de estas nuevas investigaciones son un apoyo en el conocimiento de la vida y metabolismo original.
bien
DeleteMARÍA JOSÉ BELMONT GARCÍA
ReplyDeleteEn este artículo Karen Lloyd del departamento de microbiología de la universidad de Tennessee en Knoxville nos habla de la "materia microbiana oscura" que se refiere a la vida microbiana que no había sido descrita, de la cual gracias a los avances científicos se ha podido analizar y secuencias el ADN encontrando así la existencia de organismos que poseen funciones que podrían tener múltiples aplicaciones en la biotecnología como es el caso de los organismos de filo Bathyarchaeota. Estos organismos, encontrados en los yacimientos de carbono, tiene la habilidad de generar metano gracias a que contiene el gen metil coenzima M reductasa (mcrA) pero a pesar de que este gen ya era conocido, la versión de este organismos es diferente. Este descubrimiento no sólo ha dando pauta para generar avances en biotecnología, también proporciona datos que apoyan a la teoría de la evolución de los gentes de la metanogenesis.
Finalmente se llega a la conclusión de que este filo contiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con las comunes, bases que al no coincidir pueden evitar la unión. Estudios recientes siguen encontrado secuencias de ADN que codifican para genes de metanogenos lo que muestra que mucho de estas investigaciones no sólo brindarán apoyo a la tecnología a futuro, servirán para revelar las adaptaciones genéticas de diferentes organismos así como sus procesos y funciones.
bien! concreto
DeleteMARÍA JOSÉ BELMONT GARCÍA
ReplyDeleteEn este artículo Karen Lloyd del departamento de microbiología de la universidad de Tennessee en Knoxville nos habla de la "materia microbiana oscura" que se refiere a la vida microbiana que no había sido descrita, de la cual gracias a los avances científicos se ha podido analizar y secuencias el ADN encontrando así la existencia de organismos que poseen funciones que podrían tener múltiples aplicaciones en la biotecnología como es el caso de los organismos de filo Bathyarchaeota. Estos organismos, encontrados en los yacimientos de carbono, tiene la habilidad de generar metano gracias a que contiene el gen metil coenzima M reductasa (mcrA) pero a pesar de que este gen ya era conocido, la versión de este organismos es diferente. Este descubrimiento no sólo ha dando pauta para generar avances en biotecnología, también proporciona datos que apoyan a la teoría de la evolución de los gentes de la metanogenesis.
Finalmente se llega a la conclusión de que este filo contiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con las comunes, bases que al no coincidir pueden evitar la unión. Estudios recientes siguen encontrado secuencias de ADN que codifican para genes de metanogenos lo que muestra que mucho de estas investigaciones no sólo brindarán apoyo a la tecnología a futuro, servirán para revelar las adaptaciones genéticas de diferentes organismos así como sus procesos y funciones.
doble
DeleteJoselin Judith Peña Herrera.
ReplyDeleteMas allá de los metanógenos conocidos.
Los avances que se han tenido recientemente en la secuenciación y el análisis de ADN han demostrado que gran parte de la vida microbiana en la Tierra difiere de organismos anteriormente descritos; al igual que la mayoría de los ambientes de la tierra los depósitos de yacimientos de carbono tienen el potencial genético para generar metano; en estudios anteriores de microbios generadores de metano en cualquier entorno han buscado cualquiera de los genes taxonómicos reductasa metil coenzima M (MCRA), los genes encontrados en los metanógenos, cultivados debido a que se sabe que los genes de MCRA que los autores atribuyen a la Bathyarchaeota coincidan con las frecuencias de cuatro letras del resto de los genes Bathyarchaeota en su estudio y por lo tanto no pertenece a otro microbio en la comunidad; además lo genes de Bathyarchaeota MCRA difieren significativamente de genes MCRA todos descubiertos previamente, a lo que es probable que estos genes junto con otros componentes genéticos fueran transferidos por generaciones; la metanogénesis solo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, debido a esto se cree que es uno de los metabolismos mas tempranos de la vida, por lo tanto estos organismos no son tan bien conocidos, es imposible sacar prueba definitiva de que un organismo lleva a cabo un metabolismo particular, sobre la base de sus genes por si solos; sin embargo la proteína Mcr inferido a partir del genoma Bathyarchaeota tiene muchas de las características clave del sito activo conocido por ser esencial para su función methanogens, sabiendo esto cultivaron la presencia de estos organismos en un carbono donde se sabe que la metanogénesis a ocurrido, pero hasta ahora es un tipo de metanógeno desconocido.
Evans muestra que el gen MCRA que encontraron en el Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de ADN que no coinciden con los cebadores utilizados comúnmente, por lo tanto es evidente que todos los cebadores conocidos habrían perdido este gen MCRA particular, pero han encontrado homólogos en otros reservorios de yacimiento de carbón, lo que demuestra la presencia de formas previamente no investigadas de MCRA en esos entornos; estos estudios pueden revelar en un futuro mas adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos.
bien!!
DeleteDescubrimiento de nuevos metanógenos
ReplyDeleteLos nuevos avances en secuenciación y análisis de DNA han llevado al descubrimiento de microbios diferentes a todos los previamente descritos, estos nuevos microorganismos pueden dar lugar a nuevas herramientas biotecnológicas.
Un ejemplo de esto son los miembros del phylum Bathyarchaeota, estudiados por Evans y otros colaboradores, que tienen el potencial genético para producir metano. Estos y otros microorganismos metanógenos que difieren de los conocidos por, por ejemplo, utilizar diferentes vías de producción de metano, no podían ser descubiertos ya que los estudios normalmente se basan en los genes de metanógenos que han sido cultivados.
Todos los metanógenos cultivados pertenecen al phylum Euryarchaeota y se cree que su metabolismo es uno de los más antiguos de la Tierra, ésta teoría es apoyada por el nuevo descubrimiento ya que implica la evolución de genes para la metanogénesis antes de la separación de estos phyla.
Quizás de las partes más importantes de este trabajo es que demuestra la facilidad con la cual ciertos genes que difieren de lo conocido pueden ser ignorados en la secuenciación de DNA, esto debido a que el primer paso para secuenciar DNA es ampliarlo, para lo cual se necesitan primers que emparejen con el inicio del gen de interés. La secuenciación de genomas permite evitar este problema, permitiendo el descubrimiento de nuevos microbios.
Referencias
Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
bien
DeleteThis comment has been removed by the author.
ReplyDeleteKaren Lizbeth Claro Mendoza
ReplyDeleteEn la física, la materia oscura, constituye alrededor de un cuarto de lo existente en el universo, el CERN tiene entre sus objetivos describir a este tipo de materia.
En la biología, la materia oscura más representativa se encuentra en el mundo microbiano. Se conoce solo una pequeña parte de la gran diversidad que se calcula que existe en la Tierra. Muy pocas especies se han descrito con detalle.
En el artículo, se menciona que Evans y su equipo de trabajo demostró que miembros de la materia obscura microbiana del phylum Bathyarchaeota, de los depósitos de carbón, tienn el potencial genético de generar metano.
La reconstrucción del árbol de la vida mediante la secuenciación de genomas es esencial. Evans reportó en 2015 la reconstrucción de dos bathyarchaeotal genomas derivadas de reservas de depósitos de carbón. . Los genes de Bathyarchaeota mcrA difieren significativamente de los genes mcrA descubiertos anteriormente. Ya que esos genes fueron transferidos verticalmente y podrían haber tenido su origen antes de que la divergencia de otra archea se llevara a cabo.
La metanogénesis es un metabolismo que se cree es de los más antiguos por lo que su estudio profundo es de suma relevancia para encontrar las piezas faltantes en la historia de la evolución de la vida.
El descubrimiento de nuevos microorganismos traería consigo importantes aplicaciones biotecnológicas Es evidente que debido a la diversidad biológica, regirnos bajo un solo gen para clasificar la vida podría llegar complicar las cosas, sin embargo los científicos han hecho diversos avances y esfuerzos para conocer la materia obscura microbiana y encontrarle un lugar en el complejo árbol filogenético.
Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
bien
DeleteElsi Janet García González.
ReplyDeleteMás allá de los metanógenos conocidos.
Gracias a los avances de la secuencias y análisis del ADN se puede demostrar que un gran número de la vida microbiana se encuentran organismos que están dentro de la materia oscura, pero estos tienen fisiologías desconocidas y gracias a estudios de cultivos ehchos en laboratorio pueden tener funciones en aplicaciones biotecnológicas.
Los yacimientos de carbón que se encuentran en la tierra contienen materia ocura, en los cuales se encuentran metanógenos pero en especial Bathyarcheota ya que tienen un potencial génetico para la generación de matano.
Según Evans existe la reconstrucción de dos genomas bathyarcheota de secuencias de ADN derivadas de depositos de carbón es decir casi todo el ADN en ambiente medio se secuencia de forma que los genomas puedan reconstruirse sin preselección.
Los metanógenos cultivados tienen en común que se establecen en un solo filo mientras que la Euryarcheota esta en el domino arquea. Los sustratos de la metanogénesis fueron abundantes en la tierra primitiva, en dónde se producia gran cantidad de metano por lo cual se encuentran los metabolismos más tempranos de la vida. Gracias a esta metanógenesis se puede situar la divergencia de la evolución de acuerdo a Bathyarcheota y Eurychaeota.
La Bathyarteota también juega un papel dentro de la ecológica ya que se le ha asociado con la degradación de la materia derivada de proteína y de compuestos aromáticos. Aún no ha sido posible definir u metabolismo particular de los genes por si solos.
La producción de metano a partir de la materia oscura difiere a un gran avance científico.
Para determinar las secuencias de ADN se debe realizar a través de gens para poder amplificar los cambios de secuencias en el ADN.
Gracias al trabajo de Evans estas secuenciación genomica de microorganismos se pueden identificar genotipos conocidos.
Gracias a estos descubrimientos de la producción del metano se puede dar un gran avance dentro de la biotecnología.
Lloyd, K. (2015) Beyond known methanogens. Science 350:6259 p.384
bien
DeleteCamila Monroy Guzmán
ReplyDeleteBeyond known methanogens.
DNA sequences from a coal-bed reservoir show that methane can be generated by unexpected microbes
El artículo gira en torno a estudios hechos por Evans que han implicado la caracterización del phylumal de las Bathyarchaeotal, cuestiones acerca del microbiano dark matter, la metanogénesis y cómo a partir de su estudio podemos juntar eslabones de la evolución y encontrar el punto de ramificación de las eucariotas a las bacterias.
Avances en el DNA y análisis han demostrado que la vida del microbio ha diferido en organismos previamente descritos. "Microbial dark matter " es ubicuo y numeroso pero tiene una larga desconocida fisiología que puede tener funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas.
Evans mostró que miembros del material oscuro microbiano tienen el potencial genético de generar metano y pueden incrementar el gas natural. Reportó también la reconstrucción de dos bathyarchaeotal genomas que se derivan de las secuencias de DNA sin vías preselectas. otro de sus aportes fue demostrar que los comunes procesos microbiológicos pueden ocurrir a través de los genes perdidos en las previas secuencias de DNA, sin embargo para una mayor compresión es necesaria una ampliación que implica una secuencia ambiental. Y aunque es imposible describir completamente el metabolismo con base únicamente genética. Demostró la prescencia de no investigadas formas del mcrA
La Bathyarchaeota se caracteriza también de la diversidad fisiológica y funciones ecológicas que poseen sus especies, ha sido asociada a la degradación de la materia derivada de la proteína.
Estudios pasados de los generadores de metano en cualquier ambiente buscó para cualquier taxonomía genes mcrA en metanógenos cultivados que son miembros de Euryarchaeota porque la metanogénisis requiere sustratos que fueron abundantes en la Tierra primitiva y se piensa que fueron uno de los primeros metabolismos, en este gen encontraron que tiene de 10 a 18 "mismatched" bases de DNA en común, considerando que solamente se necesitan entre 2 y 3 para prevenir el primer eslabón y justo se encuentra en uno de los lugares previos evolutivos de la divergencia de la Eucaryarchaeota y Bathyarchaeotal, el soporte para esta teoría proviene de la amplia distribución y diversidad de los integrantes del phylum. Genes que enlazan frecuencias del resto del grupo y difieren significativamente de los anteriores descubiertos. Tienen otro componente genéticos de la ruta metanogénica que se transfiere verticalmente. Es un interesante artículo sobre todo por todos los descubrimientos que se enumeran a lo largo de éste que son claves para esta búsqueda incansable de reconstruir el árbol de la evolución de los microbios.
Karen Lloyd, 2015, Beyond known methanogens. Science 350:6259 pp38
bien!
DeleteCruz Vargas Erick Leonardo.
ReplyDeleteLas recientes secuenciaciones de DNA han mostrado que mucha de la vida microbio de la Tierra, menciona a los organismos inscritos en "materia negra microbial" poseen fisiología en gran parte desconocidos aún, de manera que pueden albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas.
Utilizar el conocimiento único sobre los genes de un organismo no es lo suficientemente útil como para establecer una prueba definitiva de su metabolismo particular, así mismo se muestra que los organismos que forman parte de esta "materia negra" poseen capacidades como la de la generación de metano y la incrementación del gas natural. Evans muestra que los procesos microbios comunes realizados en el medio ambiente ocurren a través de genes que se han llegado a perder debido a la secuenciación de genes anteriores, para comprender el rol de los tipos de genes específicos, se requiere "amplificarlos".
Nos muestra la imagen del texto, que todos los metanógenos pertenecen a un sólo pyhlum, en el domino archea, esto se debe a que la metanogénesis requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, llevando así la idea de ser uno de los primeros metabolismos de la vida pues se encuentra antes de la divergencia entre la Euryarchaeota y Bathyarchaeota. El insaciable hambre del conocimiento científico ha llevado a estos estudios a solventarse con teorías sumamente concretas y que cada vez más se piensa saber sobre ésta, sin embargo es muy cierto que no estamos por nada cerca de conocerlo aún.
bien aunque cortito
DeleteArticulo: Beyond known methanogens
ReplyDeleteAlumna: Rodríguez Blanco Fernanda
Actuales investigaciones sobre el análisis de ADN, muestran que gran cantidad de la vida microbiana existente difiere significativamente de otros organismos. Estos organismos proliferan en la materia oscura microbiana, tienen la característica de ser cosmopolitas y numerosos pero sobre todo poseen una fisiología distinta a todo lo que se conoce. Se piensa que pueden tener aplicaciones biotecnológicas de gran ayuda para el desarrollo de la ciencia.
Nuevos estudios revelaron que el phylum Bathyarchaeota es capaz de generar metano; anteriormente estudios para saber sobre qué organismos son capaces de realizar metanogenesis no fueron aplicados a recientes grupos taxonómicos cómo resulta ser Bathyarchaeota. Ahora se sabe que los genes de mcrA de Bathyarchaeota no coinciden con las comunidades otros microbios, por lo que es probable que se hayan originado mucho antes a partir de un antiguo linaje divergente. Sin embargo todos los metanogenos cultivados son miembros de un solo phylum, Euryarchaeota, perteneciente al dominio arquea.Debido a que la metanogénesis sólo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra primitiva, se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida. La expansión de la metanogénesis a Bathyarchaeota proporciona apoyo a esta teoría, ya que sitúa la evolución de genes para la producción de metano antes de la divergencia de la Euryarchaeota y Bathyarchaeota.
Las bases para colocar a Bathyarchaeota como un grupo a nivel phylum se deben a su amplia distribución ambiental y a contienen especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas.
Futuras investigaciones de este tipo son propensos a revelar más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además de descubrir nuevos mecanismos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros.
bien!
DeleteSABINA YETLANEZI SÁNCHEZ OLIVERA
ReplyDeleteEl artículo habla acerca del descubrimiento de organismos en materia oscura microbiana y su estudio a partir de la secuenciación de ADN. Estos organismos fueron encontrados en depósitos de carbón, quienes al ser estudiados, se descubrió que eran parte de un tipo nuevo de organismos productores de metano quienes forman la materia oscura a microbiana, lo que se refiere a que son organismos que no habían podido ser descritos antes y de quienes desconocemos muchas cosas, a pesar de que son sumamente abundantes y los podemos encontrar casi en cualquier parte del mundo.
Su fisiología y metabolismos son significativamente diferentes a las de otros microorganismos previamente descritos, lo cual nos abre un mundo de posibilidades en cuanto a nuevas aplicaciones biotecnologicas y nos hace pensar en la posibilidad de que existan diferentes formas de adaptación a partir de un mismo tipo de metabolismo. A pesar de que estas bacterias son productoras de metano, su enzima encargada de esta función que es la metil coenzima M reductasa que les permite producir metano, difiere a la mcrA de otros organismos ya estudiados. Estas grandes diferencias se deben a que estas bacterias son evolutivamente diferentes ya que divergieron del phylum Euryarchaeota , creando el suyo propio (Bathyarchaeotalos) y transfiriendo sus genes de manera vertical. El hecho de que hayan divergido del phylum Euryarchaeota es una prueba más de que los genes implicados en los metabolismos metanógenos surgieron antes de que se diera esta separación de phyla, comprobando que este metabolismo es de los más antiguos , si no es que el más antiguo en la Tierra .
Estas bacterias difieren de otras metanógenas en 10-18 pares de bases en el gen que codifica para su mcrA, el cual debido a que es diferente a DNA al previamente secuenciado para bacterias metanógenas restringe algunos estudios, debido a que esta variedad no era conocida hasta ahora. La potencialidad de encontrar mayor diversidad microbiana fisiológicamente hablando es un gran descubrimiento y brinda nuevas herramientas tanto como para conocer y estudiar la vida, y su evolución, así como para utilizar estos nuevos conocimientos en aplicaciones nuevas .
Antal Moreno Espinosa
ReplyDeleteLa secuenciación genómica es una herramienta que está teniendo cada vez más auge debido a su capacidad de secuenciar genomas no cultivables. En este caso, el filo Bathyarchaeota (que fue encontrado en reservas de carbón) pertenece a la denominada “materia oscura microbiana”, y por lo tanto no es cultivable. Este filo perteneciente al dominio Archaea divergió del filo Euryarchaeota (perteneciente igualmente al mismo dominio), al cual pertenecen las metanógenas cultivables. En el caso de Bathyarchaeota, también existen diversos microorganismos que producen metano. Lo importante de este reciente descubrimiento es la posible labor que pueden tener estos microbios de la “materia oscura” en el campo de la biotecnología, ya que si estos se nutren eficientemente, pueden aumentar la producción natural de gas. Estos microbios tienen una amplia distribución, la cual incluye las profundidades de los océanos y entornos anóxicos. El filo Bathyarchaeota se ha relacionado con la degradación de materia derivada de las proteínas y aromáticos. Sin embargo, este filo tiene una gran gama de capacidades fisiológicas. Debido a sus semejanzas con las metanógenas cultivables, a estos “nuevos” microorganismos se les ha denominado como metanógenas desconocidas. El problema de estos microorganismos es que no coinciden del todo con los genes de las metanógenas cultivables.
Creo que el artículo en algunas partes da cuenta sobre los posibles errores que se cometen en la secuenciación genómica, y por esto es que es tan difícil estudiar microorganismos no cultivables, los cuales abarcan la mayoría de las especies “conocidas”.
Omar Josue Obregón Portugal
ReplyDelete“Más allá de los metanógenos conocidos”
Este artículo nos habla acerca de microorganismos generadores de metano, que a diferencia de otros metanógenos, son muy poco conocidos. Estos microorganismos poco conocidos se encuentran en “materia microbiana oscura”, ubicada generalmente en yacimientos de carbón. Estos misteriosos microorganismos podrían albergar funciones únicas con aplicaciones biotecnológicas potencialmente útiles.
La “materia microbiana oscura” perteneciente al phylum Bathyarchaeota tiene el potencial genético de generar metano, esto gracias a la Metil coenzima M reductasa (mcrA). Los genes de la mcrA que se le atribuyen a la Bathyarchaeota son prácticamente exclusivos de esta, y por lo tanto no pertenecen a otros microbios de la comunidad. Además de que los genes de mrcA difieren significativamente de todos los genes mcrA descubiertos previamente.
Existen otros metanógenos que si pueden ser cultivados, los cuales pertenecen al phylum Euryarchaeota, en el dominio de las arqueas. Debido a que la metanogénesis solo requiere sustratos que eran abundantes en la Tierra temprana, se cree que es uno de los primeros metabolismos de la vida. Una prueba que respalda esta teoría es el hecho de que los genes de la metanogénesis ya existían incluso antes de la divergencia entre Bathyarchaeota y Euryarchaeota, los cuales son microorganismos muy antiguos.
Otra cosa importante de mencionar es que el phylum Bathyarchaeota se ha asociado con la degradación de la materia derivada de la proteína y los compuestos aromáticos.
También se espera que con futuras investigaciones se revele más adaptaciones genéticas a los procesos metabólicos conocidos, además de descubrir nuevos procesos o combinaciones de procesos que no se ve en los cultivos puros.
En lo personal este artículo me pareció muy interesante, ya que plantea varias cosas, como que organismos con funciones similares pueden tener un origen común, así como también el hecho de que los metanógenos en yacimientos de carbón podrían aumentar la producción de gas natural en los pozos ya existentes si están bien nutridos, lo que nos permitiría hacer más eficiente la obtención de gas metano en el futuro, por esto y por muchas cosas más es importante conocer acerca de los metanógenos, y la metanogénesis como uno de los primeros metabolismos de la vida.
Recientes avances en la secuenciación y análisis del DNA han mostrado cuanto difiere la vida microbiana en la tierra de organismos previamente clasificados. Los organismos categorizados como “la materia negra microbiana” se encuentran en todos los ambientes pero tienen fisiologías hasta ahora desconocidas.
ReplyDeleteLos miembros de la materia negra bacteriana pertenecientes al phylum Bathyarchaeota forman lechos de carbono que tienen el potencial genético de generar metano. Los methanógenos de lechos de carbono pueden incrementar la producción natural de gas de pozos existentes. Estudios anteriores de microbios generadores de metano en cualquier ambiente incluyendo reservas de lechos de carbono han buscado marcadores taxonómicos o genes metil-coenzima M reductasa (mcrA) encontrados en metanógenas cultivadas. Cualquier metanógena que realice metanogénesis a través de un grupo taxonómico nuevo o a través de una ruta aún desconocida no puede ser hallada por estos estudios.
Los genes mcrA de Bathyarchaeota difieren significativamente de todos los genes mcrA previamente descubiertos. Es probable que los genes, junto con otros componentes genéticos del ciclo metanogénico fueran transferidos verticalmente (en vez de ser insertados recientemente por un virus o un transposón) es probable que estos genes se originaran antes de que esta cepa divergiera.
Todas las metanógenas cultivadas son miembros de un solo phylum, el Euryarcheota, en el dominio Archaea. Como la metanogénesis solo requiere substratos que eran abundantes en los principios de la tierra, se piensa que pueden tratarse de los primeros metabolismos. Expandir la metanogénesis a las Bathyarchaeota provee evidencias para esta teoría porque coloca la evolución de los genes por metanogénesis antes de la divergencia de los Euryarchaeota y Bathyarchaeota.
Una característica de este phyla es que contienen especies con diversas fisiologías y funciones ecológicas. Bathyarchaeota han sido asociadas con la degradación de materia derivada de proteínas. Es imposible marcar una prueba absoluta de que un organismo desarrolla un metabolismo particular basado únicamente en sus genes. La presencia de estos organismos en lechos de carbono apoya la posibilidad de que se trate de un tipo desconocido de metanógena. El gen mcrA encontrado en Bathyarchaeota tiene de 10 a 18 bases de DNA que no coinciden con los primers usados previamente, demostrando la presencia de formas de mcrA nuevas en esos ambientes. Se busca que futuras investigaciones revelen adaptaciones genéticas desconocidas a procesos metabólicos conocidos o procesos no vistos en cultivos puros.