Wednesday, September 21, 2016

14. Julia K. Goodrich, Emily R. Davenport, Jillian L. Waters, Andrew G. Clark, Ruth E. Ley. 2016. Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome. Science, 352: 6285 pp 532-535

30 comments:

  1. Los seres humanos tenemos una gran cantidad de microorganismos viviendo en nuestro cuerpo, los cuales incluyen arqueas y protozoarios en menor medida, y bacterias en mayor medida, quienes varían a lo largo de todo nuestro cuerpo, dependiendo de la función que tengan y donde se encuentren. La interacción entre las bacterias que habitan nuestro cuerpo es sumamente importante ya que nos ayudan a realizar una gran cantidad de funciones, principalmente nos ayudan a metabolizar los alimentos y obtener energía a partir de ellos, por lo que la mayor concentración de bacterias en nuestros cuerpos se encuentra en nuestros intestinos.
    El tipo de bacterias que tenemos y la forma en la que responden y nos ayudan a ser saludables o por el contrario, afectan nuestra salud, depende de una gran cantidad de factores, algunos realmente fáciles de alterar, como la dieta a la que estamos acostumbrados .

    a partir de estudios del rRNA 16s hechos principalmente en gemelos monozigoticos y dizigoticos, se ha demostrado que las características de los microbiomas presentes en los seres humanos, son heredados por nuestros padres, por lo que están (en un inicio) determinados por nuestros genes, sin embargo, como se ha mencionado anteriormente, el microbioma puede ser modificado por factores ambientales. Estos estudios también ayudaron a calcular estimaciones de heredabilidad de taxones, la cual en su mayoría están conformados por la bacteria Christensenellaceae del phylum firmicute. sin embargo, todos estos estudios se han llevado a cabo con muestras relativamente pequeñas por lo que los resultados podrían variar si se hicieran con muestras más grandes, por lo que, hasta que se aumente el tamaño de las muestras analizadas es importante apoyar los resultados obtenidos con análisis cruzados .

    En el artículo se mencionan diferentes experimentos, hipótesis y resultados que se han obtenido a partir del estudio de genomas humanos, de ratones y plantas, lo cuál, en el caso de los humanos y los ratones, se arrojaron diferentes resultados en cuanto a la influencia de la dieta en la composición del microbioma, principalmente porque los ratones se encontraban en un ambiente controlado debido al experimento, lo cual no sucede en la vida real con los humanos. Otro descubrimiento fue que los genes de ratones asociados a las barreras inmunologicas de los microbiomas intestinales están también implicados en el microbioma de moscas, plantas y humanos

    También se formuló la idea de qué tal vez los genes tengan un papel más importante del que les habíamos dado, ya que se creía que las diferencias entre los microbiomas de distintas poblaciones se debían principalmente a la dieta, pero recientemente se propuso que tal vez esto recaiga más en los genes de lo que pensábamos, además de que se cree los genes podrían influir en la dieta, haciéndonos inclinar por diferentes comidas al rededor del mundo. Estas interacciones entre genes y microbioma, al igual que en humanos, ejercen una influencia en el status nutricional de moscas y ratones .

    Por último, se habla de la relación entre la presencia de algunas bacterias y cómo éstas pueden ayudar en que un individuo sea delgado o sea más propenso a sufrir obesidad, así como de la abundancia de un género de bacterias en el intestino con la intolerancia a la lactosa y de que la presencia de algunas bacterias que podemos adquirir por herencia de nuestros padres están implicadas en inflamaciones y el cancer .

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  2. Cruz Vargas Erick Leonardo.

    Grandes cantidades de bacterias habitan en el organismo, nos dice el texto; la interacción de éstas bacterias con el organismo mismo ayudan tanto en el metabolismo como en la obtención de energía, se habla específicamente de las bacterias intestinales, menciona que los animales que son criados libres de gérmenes son anormales fisiológicamente hablando. Tales interacciones de un microbioma "sano" con la biología humana, hablando más puntual del huésped son, en general, beneficiosas ayudando a mantenernos saludables.

    Una de las preocupaciones con este enfoque es seres humanos, es que algunos factores ambientales tales como la dieta, llegan a alterar el funcionamiento y la composición de la comunidad intestinal. Diversos estudios y comparaciones entre ellos muestra taxones similares. Comparaciones entre especies, incluyendo plantas, mostraron un tema en común: los genes del huésped están asociados con la variación del microbioma se encuentran involucrados en la regulación inmune y en la barrera de defensa. Los humanos, al contar con una dieta no restringida, los genes relacionados con el metabolismo también emergen.

    El texto nos habla que la heredabilidad, tal como el índice de altura o la masa corporal no están relacionados con la herencia, en las estimaciones de heredabilidad existen caracteres cuantitativos como los taxones, así como la altura y el IMC.

    La microbiota intestinal crea resistencia contra la colonización e invasión de patógenos. Los antibióticos pueden llegar a dañar la microbiota intestinal y con ello aumentar las posibilidades de infecciones. Nuevos medicamentos se encuentran en fase de pureba y desarrollo para restablecer la resistencia y eliminación de patógenos. Los últimos resultados de los estudios realizados a ratones en donde se les administró antibióticos, sugieren que el microbiota pre-antibiótico minimiza la expansión de bacterias.

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  3. Comparaciones entre cruces de especies de las asociaciones genéticas del huésped con el microbioma.
    Los microbios recubren la superficie del cuerpo humano en microbiomas altamente adaptados; la mayoría de de las células microbianas asociadas al cuerpo son bacterias, aunque también existen, en menor numero, arqueas y células eucariontes, juntas alcanzan la mayor biomasa del intestino. Estas comunidades microbianas varían su composición a lo largo de todo del cuerpo dependiendo de los nichos definidos física, química e inmunológicamente.
    Muchas especies de animales han sido creadas libres de gérmenes bajo condiciones artificiales altamente axénicas, los animales libres de gérmenes son fisiológicamente anormales en muchas maneras.
    La biología humana asume la presencia de un “microbioma saludable”, uno en el que las interacciones con su huésped son generalmente benéficas. El microbioma del intestino se dice que guarda un segundo genoma y sua funciones hacen que el potencial fisiológico del huésped se expanda. En el intestino los microbiomas expanden las capacidades digestivas, ayudan al sistema inmunológico, producen vitaminas, degradan xenobióticos y hacen resistencia a la colonización de patógenos.
    El estudio de las comparaciones del cruce de especies muestra como algunas taxa son influenciadas por la genética del huésped. Las comparaciones revelan un punto en común: los genes del huésped asociados a la variación del microbioma se involucran en una regulación inmunológica y una barrera de defensa.

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  4. Guadalupe Mateos Pimentel.

    Los microbios cubren la superficie del cuerpo humano en microbiomas adaptados. Estas comunidades microbianas varían en su composición a través del cuerpo en función de nichos definidos química, física e inmunológicamente. La biología humana y la salud asumen la presencia de un micro bioma sano cuyas interacciones con su huésped son generalmente beneficiosos. Una principal preocupación con este enfoque en los seres humanos es que los factores ambientales tales como a dieta fuerte y rápidamente pueden alterar la composición y la función de la comunidad del intestino.

    Durante varias décadas, los gemelos sirvieron para abordar la cuestión de si la variación genética del huésped se ascia con el microbioma. Los primeros estudios en gemelos incluyen un pequeño numero de asignaturas y emplean bien las técnicas y resultados basados en las huellas dactilares del cultivo o de DNA sugieren un efecto genético sobre la composición bruto del microbioma intestinal. Mas tarde, los estudios que utilizan técnicas basadas en secuencias y cortes mas grandes reportaron una tendencia similar aunque mas débil. Las medidas cuantitativas del microbioma constituyen un rasgo complejo novedoso en el genoma humano en los estudios de asociación amplia (GWAS).La ventaja de los sistemas de modelo es que as condiciones ambientales son controlados sin embargo, la magnitud de a variación genética examinado es menor que la variación de las poblaciones segregantes. Varios de los mismos taxones se han estimado como hereditarios o vinculados a la sede de los genes en al menos dos estudios asociados con el GWA en humanos y QTL en ratones.

    El HMP caracteriza al microbioma a través de sitios del cuerpo para 350 personas que utilizan tanto 16s genes de rRNA y metagenomas. Estudios de la asociación del microbioma es todo un reto porque conlleva la prueba simultanea por mas de 1000 millones de fenotipos diferentes de SNPs. Varios estudios dentro de una especie vegetal han observado efectos sobre la composición genotípica del microbioma. Horton y colegas examinaron las bacterias y los hongos que componen el microbioma de la hoja endófito en 196 accesiones de Arabidopsis thailana e identificaron QTLs tanto para la riqueza de especies y la abundancia de los distintos taxones.

    ¿Cuál es el mejor rasgo del microbioma GWAS?
    El micro bioma es un rasgo de alta dimisión compleja que puede ser descrito en miles de formas. Interacción funcional descrita que subyace en la asociación anfitrión de 16s genes de rRNA de datos que utilizan GWAS ahora son amenudeo un pobre sustituto para la función.
    Los factores ambientales son mas influyentes que la genética del huésped en la conformación de la composición global del microbioma intestinal. Sin embargo a través de especies hospedadoras han surgido un puñado de bacterias y arqueas con reconocida importancia para la salud, sean heredado y asociado con genes de huésped y esto se a relacionado con la inmunidad y la dieta.

    Los avances e la generación de datos de obtención de muestras y el análisis continuara revelando asociaciones informativos y biológicamente relevantes entre taxones y el anfitrión de variantes genéticas.

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  5. MÉRIDA ESCUDERO KARLA DANIELA

    Cross-species comparisons of host genétic associations with the microbiome

    Los microbios recubren la superficie del microbioma del cuerpo humano. La comunidades microbianas varían su composición dependiendo del cuerpo. La biología humana y la salud asumen un microbioma sano que cuyas interacciones con su huésped sean generalmente benebolas. Los factores ambientales, como la dieta de un ser humano, puede cambiar fuerte y rápidamente la composición y el funcionamiento del microbioma del intestino.
    Existen comparaciones entre los mismos taxones y la influencia genética que provoca en el huésped y al comparar esto con la de otras especies se revela que los germenes del huésped asocia la variación del microbioma con la regularización inmune de la defensa de barrera.
    Los componentes de microbioma se pueden heredar así como si fuera la altura. Para esto se realizaron experimentos con gemelos monocigoticos y dicigoticos. Los patrones de los estudios de gemelos fueron replicados con éxito pues el microbiomade gemelos monocigóticos eran en general más similares que los de los dicigoticos, pero con el aumento del tamaño de la muestra la diferencia alcanzó significación estadística. Así como este, se realizaron otros distintos experimentos.

    En todas las bacterias que son hospederas de bacterias y arqueas se han convertido en aspectos importantes que que al ser heredadas y al asociarse com genes del huésped se relacionan con la inmunidad a patógenos, estas interacciones son muy sensibles a la dieta.

    Julia K. Goodrich, Emily R. Davenport, Jillian L. Waters, Andrew G. Clark, Ruth E. Ley. 2016. Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome. Science, 352: 6285 pp 532-535

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  6. Monroy Guzmán Camila
    Cross/species comparisons of host genetic associations with the microbiome
    Los seres humanos estamos formados también por microbiomas, que nos heredan nuestros padres y son afectados, principalmente, por las condiciones ambientales y la riqueza de especies que se encuentra y coexisten en él, nos ayudan a cumplir funciones, entre otras, nutricionales, metabólicas, y de inmunidad, por lo tanto el estudio de estas interacciones es muy importante, sin embargo muy complejo y hasta cierto punto, limitante por las tecnologías. El artículo habla sobre el microbiama de los intestinos y los estudios que se han realizado para comprender la interacciones que se dan dentro de él y los factores que afectan su composición, comparando especies que han encontrado y buscando su heredabilidad y un poco su relación con el hospedero, también se han encontrado asociaciones específicas y se critican varios medios de investigación todavía con bajo alcance en este campo.

    Las investigaciones sobre este campo comenzaron en los gemelos, para encontrar si los factores que afectan al microbioma son hereditarios o ambientales, aunque después comenzaron a haber GWAS (genome-wide asociations studies) con grandes limitantes que promovieron el desarrollo de otras técnicas que se centraron en el microbioma de los intestinos descubriendo algunas especies clave para la inmunidad y el metabolismo comparando el microbioma de los ratones y los humanos.
    Los microbios entran a las distintas capas del cuerpo humano en diferentes microbiomas, en su mayoría bacterias. Estas comunidades varían en la composición a lo largo el cuerpo en nichos definidos física, química e inmunológicamente, la salud del individuo está estrechamente relacionada con la salud del microbiomas. Se dice que el microbioma de los intestinos es un genoma, ya que sus funciones se expanden hasta ramas psicológicas. Los microbios de los intestinos, operan parte del sistema inmunológico, producen vitaminas, resisten a la colonización de patógenos. Al comparar distintas especies, se llegó a la conlcusión de que los genes huéspedes asociados con variaciones del microbioma están envueltos en regulaciones de inmunidad y defensa bacteriana.
    Heredabilidad es la proporción de variedad en un huésped. Los componentes de un microbioma pueden ser cuantificados en función a su heredabilidad, así como la riqueza de especies que hay en el microbioma..
    En humanos, una relación emergen entre el genotipo del huésped y toda la composición fecal del microbioma, sin tomar en cuenta la estructura poblacional, etnicidad o estretifció geográfica. Las diferencias entre las poblaciones del microbioma de los intestinos radica en las diferencias de la dieta.Beckham examinó asociaciones con genética SNPs. La riqueza de los genes está relacionada con la inmunidad manejada por asociación entre la piel, la nariz y la boca.
    También se compararon las plantas con los mamíferos, los microbiomas asociados con las plantas son adquiridos del ambiente y el proceso de selección ocurre en la microbiota cuando se ensambla a sus capas. Estudios han notado que los efectos del genotipo afecta a composición del microbioma.
    Después el artículos menciona algunas asociaciones encontradas entre poblaciones de los microbiomas entre la Turicibacter que está implicada en la inflamación y cáncer y Peptostrptococcaceae; la Akkermansia ligada al metabolismo de la glucosa.
    Finalmente habla sobre las tecnologías usadas para hacer estos estudios y las limitaciones que se encuentra, por ejemplo, en la GWAS y en la secuencia 16S ribosomal.
    Los factores ambientales tienen mayor influencia que las genéticas del huésped en la composición del microbioma de los intestinos. Durante las especies huésped estudiadas, las Bacterias y Archaees tienen una importancia en la salud y han emergido como heredables y acosciatas con genes relacionados con la inmunidad y dieta.

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  7. Sánchez Herrera Victoria Abigail

    Comparación entre especies de los genes del hospedero en asociación con el microbioma.

    Los microbiomas de bacterias, se encuentran en una gran cantidad de organismos, en el caso de los seres humanos, por ejemplo, hay una gran cantidad de éstos en todo nuestro cuerpo. Dichas comunidades microbianas se encuentran repartidas en diferentes cantidades, dependiendo de características físicas, químicas e inmunológicas. Parece ser que el genotipo del hospedador puede promover la adquisición de un microbioma benéfico.

    Estudios globales de genomas parecen ser la clave para encontrar nuevas asociaciones entre el microbioma y los genes del hospedador. La comparación entre diversas especies revela que los genes del hospedador asociados con variaciones en el microbioma están presentes en la regulación inmunológica y sistemas de defensa de barrera. En humanos, cuando la dieta no está restringida, los genes asociados a las preferencias en la dieta y el metabolismo también juegan un papel.

    La heredabilidad (proporción de variación en una característica del hospedador medida a través de una población que es explicable por efectos genéticos) es un concepto importante para estimar la influencia de la genética del hospedador en su microbiota. Los gemelos han sido una parte fundamental para conocer si la genética del hospedador está asociada con el microbioma. Un tipo de estudios importantes para esta área son los GWAS que permiten establecer la heredabilidad de ciertas especies de microorganismos que conforman el microbioma de ciertas especies, a pesar de que este campo de estudio es nuevo, su importancia recae en que los pocos microbios heredables son importantes para la salud del hospedador al relacionarse con genes que regulan la dieta y la inmunidad.

    Referencia.

    Goodrich, K., Davenport, E., Waters, J., Clark, A., Ley, R.(2016). Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome. Science,352,6285 p. 532-535.

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  8. Monroy Guzmán Camila.
    Antibiotic Resistance Soreads through diverse species and habitats, part I.

    El artículo habla sobre la batiera resistente a los antibióticos, su presencia omnipresente en nuestro ambiente, el esparcimiento de sus especies a través de los animales, suelos, aguas y plantas. Esta bacteria supone un gran reto para para ciencia biomédica,desde el entendimiento total de su funcionamiento y cómo contrarrestar las infecciones que ha causado en humanos. Así que muchas investigaciones se han centrado en la alarmante expansión de estas bacterias.
    Las bacterias se han logrado 'infiltrar' en todos los ambientes, lo que dificulta los tratamientos públicos. En particular, los patógenos que afectan a los humanos son realmente muy adaptables y son huéspedes de los animales, aunque saltan con facilidad s los humanos, se encuentra también en las mascotas o animales domésticos.
    Una de las fuentes de bacterias resistentes más importantes son los suelos, y comunidades de bacterias han desarrollado toxinas resistentes a las agresores de especies microbianas que no forman parte de la población. Si la resistencia de estas poblaciones logra transmitirse a las que viven en animales y humanos, implicará un problema en la salud pública. Walsh identificó genes resistentes a la quinolina antibiótica en fuentes de suelo rural y urbano. Los microbios del suelo albergaron genes resistentes que son conocidos en patógenos en humanos. Aunque el origen de esta resistencia se atribuye a una enzima que que pudo haber estado en el posible ancestro y después evolucionó o en la mezcla con cepas asociadas a los humanos a los animales, que contaminaron los suelos, aguas. Es importante identificar "los puntos críticos de control o de acceso del gen resistente" para reducir los riesgos para la salud humana de los genes de resistencia y para el medio ambiente por estos genes.
    El agua es una dinámica reserva de acumulación y dispersión de la bacteria resistente a antibióticos. Y las aguas residuales son una fuente importante y rica de estos genes. En los que prevalecen cepas como MDR E coli. Las plantas de aguas residuales no siempre pueden remover todos los contaminantes presentes como el spray; no hay regulaciones con respecto al agua regenerada o en uso. Las aguas residuales representan un importante nicho protector para las antibiotic-resistant bacteria y para patógenos. Este tipo de bacterias también puede esparcirse con los animales que emigran, sobre todo con los pájaros que cruzan el mundo en ciertas temporadas del años, su extensión se incrementa con la contaminación ambiental. También en mataderos hay grandes probabilidades de que las bacterias y por los suelos igualmente contaminados por cepas de MDR. Deben tomar restricciones públicas para controlar esto.

    Las aves, en particular, las migratorias, diseminan MDR E coli alrededor del mundo y las cepas de antibiotic-resistant bacterias que pueden intercambiarse con las acuáticas.

    Por otra parte,al menos 18% de las mascotas están contaminadas por esta bacteria. El patógeno están extremadamente ligado al tratamiento médico que conforma la población de un patógeno humano mayor.

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  9. Reyes Torres Anya Miranda

    Los microbios recubren las superficies del cuerpo humano en un microbioma altamente adaptado. La gran mayoría de las células microbianas asociadas a humanos, son bacterianas, con células de arqueas y eucariotas también presentes pero en números más bajos. Juntos alcanzan su mayor biomasa en el intestino distal. Estas comunidades microbianas varían su composición a través del cuerpo, dependiendo de nichos definidos física, química, e inmunológicamente. Aunque un puñado de especies de animales han sido criados en condiciones libres de gérmenes axénicos altamente artificiales,los animales libres de gérmenes son fisiológicamente anormales de varias maneras fundamentales. La biología humana y la salud asumen la presencia de un microbioma "sano", uno cuya interacción con su huésped sea en general beneficiosos.
    El microbioma intestinal se dice que codifica un segundo genoma, y ​​su función es ampliar el potencial fisiológico del huésped. En el intestino, los microbios se extienden a capacidades digestivas, producen vitaminas, degradan xenobióticos, y se resisten a la colonización por patógenos. En un principio, la selección de genotipos de acogida que promueven un microbioma beneficioso es posible. Esto se podría esperar para las funciones microbianas (por ejemplo, la producción de metabolitos) o taxones que codifican funciones beneficiosas a la aptitud. Cuando las funciones están restringidas a taxones filogenéticamente específicos, como la metanogénesis a Euryarchaeota, las asociaciones entre alelos de acogida y abundancia taxonómicas específicas podrían surgir. A la inversa, el gen funcional de niveles de expresión pueden asociarse con los genotipos de acogida cuando esas funciones se codifican a través de taxones dispares.


    El microbioma es un rasgo dimensional complejo, que se puede describir en miles de formas. Las interacciones funcionales específicas probables subyacen en asociaciones del gen de microbios de acogida, y los datos de genes ARNr16s, que se utilizan en GWAS ahora, son a menudo próximos para la función. Este problema es similar al modelado IMC; es fácil de obtener medidas de grandes cantidades, pero no es la mejor medida para la adiposidad. Los metanógenos proporcionan los valores del gen funcional, pero son costosos para generar. A partir de los datos de ARNr16s, que no son fiables para los genes que son variables entre los genomas de las cepas, pueden ser los mejores fenotipos para modelar, junto con sus patrones de expresión génica. A medida que las tecnologías de secuenciación y computacionales siguen evolucionando, el objetivo de obtener genes específicos e incluso cepas de recuentos específicos puede ser muy pronto.El microbioma intestinal GWAS se han basado en muestras de heces. El microbiota fecal es una mezcla de microbios asociados con mucosa, la mayoría de los dos puntos, y los microbios del lumen. Pequeñas microbiotas intestinales son raros en las heces, y los microbios del estómago son importantes, tales como Helicobacter pylorimay que puede ser indetectable. Así, las interacciones a pequeña escala entre el microbioma y superficies de la mucosa que subyacen en asociaciones genéticas pueden no ser detectables a partir de datos de heces. Los estudios que utilizan técnicas de muestreo alternativos, como las cápsulas que capturan pequeñas biopsias intestinales, podrían revelar asociaciones en las heces.

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  10. FRANCO FLORES EMMANUEL
    Estudios con humanos y ratones han revelado incongruencias en los taxones microbianos del intestino, ya que su número está regulado en parte por el genotipo del huésped. Los genes de éste que están asociados con dichos taxones vienen relacionados con la dieta, el metabolismo y los niveles de inmunidad de dicho huésped.
    Los microbios recubren las superficies del cuerpo humano albergados en microbiomas muy adaptados, gran parte de estos microbios son bacterias, las demás están compuestas por arqueas y eucariotas en número más reducido. Todos éstos tienen mayor masa en el intestino distal. Todos estos microbiomas varían en su composición a través del cuerpo, pues son definidos por las condiciones físicas, químicas e inmunológicas.
    Una especie criada en el laboratorio, libre de gérmenes, sería anormal fisiológicamente, la salud y la biología humana asumen la presencia de estos microbiomas y que su interacción con el huésped resulta beneficiosa para él.
    En el caso del microbioma intestinal, éste tiende a aumentar el potencial fisiológico del huésped, así, los microbios elevan sus capacidades digestivas, ayudan al sistema inmunológico, producen vitaminas, degradan sustancias extrañas al intestino y se resisten a la propagación de organismos patógenos, en realidad son una maravilla biológica.
    Aunque se puede seleccionar el patrón de genotipos que promuevan un microbioma beneficioso, el verdadero centro de investigación es explicar cómo diferentes alelos se combinan con taxones variados; esto pasa en el intestino, aunque una de las principales preocupaciones es que en los seres humanos estas combinaciones se vean afectadas por la dieta de una manera determinante y rápida.
    Heredabilidad: Es la mayor o menor capacidad de ser heredado. Así pues, la heredabilidad va de 0 a 1, siendo el 1 ó 100% el indicado para los gemelos idénticos ( idénticos o monocigóticos, que comparten el 100% del genoma, mientras que los gemelos fraternos o dicigóticos comparten el 50% de dicho genoma). Esta información sirvió para explicar que si los gemelos idénticos eran criados en condiciones ambientales similares y presentaban abundancia de bacterias muy similares en los diferentes microbiomas, parte de estas características pueden atribuirse a los genes compartidos y por lo tanto son hereditarias.
    Diferentes estudios, desde el hecho a pequeña escala, hasta el que usa secuencias, demuestran el efecto del genoma sobre la composición del microbioma intestinal, aunque también muestra la influencia de los factores ambientales sobre la composición del microbioma.
    En cuanto a estudios con humanos, se descubrió que , aunque las diferencias entre los microbiomas de los sujetos de estudio se atribuyen a la dieta, la diferencias genéticas pueden ser muy importantes, y determinantes en cuanto a los taxones que son heredables. En cuanto a ratones se obtuvieron resultados contundentes, el medio determina que taxones se combinan, aunque el tamaño de los genes puede llegar a ser muy grandes y dificultan la interpretación. En cuanto a mamíferos se pudo comprobar que se adquieren microbiomas asociadas con plantas por el medio ambiente y el proceso de selección ocurre cuando éstos se posan sobre el animal. El comportamiento de los taxones en los vegetales está afectado por los niveles de pH, así como los componentes de la pared celular.
    Con el estudio de los microbiomas intestinales a partir de las heces existe la posibilidad que relaciones que se dan en la microbiota intestinal primaria se pierdan en el trayecto.
    Resulta muy interesante que sea el medio ambiente el que determine que taxones se combinan con los diferentes microbiomas que existen en el organismo, pero es más alentador el saber que estos taxones se pueden modificar si modificamos factores como la dieta y el pH , para poder extender la eficiencia de nuestro sistema digestivo.

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  11. Los microbios se encuentran en toda la superficie del cuerpo humano en microbiomas altamente adaptados. La gran mayoría de las células microbianas asociadas a humanos son bacterias, con células archaeas y eucariotas presentes en menor cantidad. Juntas alcanzan la mayor biomasa en el intestino, estas comunidades microbianas varían en composición a través del cuerpo humano.
    Se criaron animales libres de gérmenes, sin embargo, estos son fisiológicamente anormales en maneras fundamentales. La biología humana y la salud asumen la presencia de un microbioma “saludable” en donde las interacciones con el hospedero son generalmente beneficiales.
    Se dice que el microbioma intestinal codifica un segundo genoma, y sus funciones expanden el potencial fisiológico del hospedero. En el intestino, los microbios extienden capacidades digestivas, preparan el sistema inmune, producen vitaminas, degradan xenobióticos y resisten la colonización por patógenos. En principio, la selección de genotipos de hospedero que promueven un microbioma beneficial es posible.
    En los humanos, los factores ambientales como la dieta pueden alterar la composición y función de la comunidad intestinal. Estudios recientes señalan un grupo selecto de taxa cuya abundancia está influenciada por la genética del hospedero.
    Por muchas décadas los gemelos han servido para discernir si la variación genética en el hospedero está asociada al microbioma. Los gemelos monocigóticos comparten 100% de los genes a través del genoma, combinado con asumir que fueron criados en ambientes similares ha cimentado la base de los estudios de “heritability” (término utilizado para definir las variaciones en un individuo frente a una población, como la altura o el índice de masa corporal) siendo los mejores modelos para experimentar con la genética humana.
    Con abundantes muestras de una población, las “heritabilities” en taxones pueden ser cuantificadas. Estudios previos en gemelos caracterizaron el microbioma de intestino secuenciando con 16s en genes amplificados de DNA fecal mostraron el papel que juegan los factores ambientales en la composición del microbioma, también probaron la influencia de la genética del hospedero en la variación del microbioma.
    En resumen, a través de diversos experimentos en condiciones controladas, el artículo provee evidencias sobre como los factores ambientales producen mayor influencia que la genética del individuo en la organización del microbioma del intestino. Sin embargo, dentro de especies hospedero, una gran cantidad de Bacteria y Archaea emergió como heredable y asociable con genes del hospedero relacionados con la inmunidad y dieta, haciendo el microbioma de intestino una opción terapéutica viable para tratamientos en el futuro.

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  12. Artículo: Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome
    Alumna: Rodríguez Blanco Fernanda
    Los microbios recubren las superficies del cuerpo humano con un microbioma altamente adaptado. La gran mayoría de las células microbianas asociadas a humanos son bacterianas, células de arqueas y eucariotas también están presentes pero en menor cantidad. Gran parte de estas se encuentran en el intestino. Estas comunidades microbianas varían en su composición a través del cuerpo, dependiendo del nicho definido física, química, e inmunológicamente.
    La biología humana y la salud asumen la presencia de un microbioma "sano", cuya interacción con su huésped son en general beneficiosos. El microbioma intestinal se dice que codifica un segundo genoma; en el intestino, los microbios extienden sus capacidades digestivas, producen vitaminas, degradan xenobióticos, y se resisten a la colonización por patógenos.
    El genoma explorado mantiene la promesa de encontrar nuevas asociaciones entre genes del huésped y el microbioma. Una preocupación importante con este enfoque en los seres humanos es que, los factores ambientales, como la dieta, afectan rápidamente la composición y función de las comunidades que están en el intestino.
    La heredabilidad es la proporción de variación, tales como la altura, los gemelos sirvieron para abordar la cuestión de si la variación genética se asocia con el microbioma. Se descubrió que los gemelos identicos comparten el 100% de los genes a través de su genoma, mientras que los cuates comparten, en promedio, el 50%, por lo tanto, las bacterias son heredables.
    Las medidas cuantitativas del microbioma constituyen un rasgo complejo y novedoso en estudios de asociación genómica humana (GWAS). Se pueden hacer comparaciones de estudios en humanos y de ratón que han estimado una heredabilidad de taxones directos o los taxones identificados vinculado a la sede de los genes en asociación genómica. La ventaja de los sistemas modelo es que se controlan las condiciones ambientales; sin embargo, la magnitud de la variación genética examinado es menor que la variación en las poblaciones que no son criadas.
    Por otra parte, al igual que en los mamíferos, el microbioma asociado a las plantas se puede adquirir con el medio ambiente, y un proceso de selección se produce cuando la microbiota se reúne en la superficie. Varios estudios dentro de una especie vegetal han observado efectos sobre la composición genotípica microbioma.
    Cada organismo nace con cierto tipo de bacterias, estás pueden ser modificadas dependiendo de la interacción con su entorno, verse dañadas o en un mejor caso, beneficiadas. Por lo tanto, considero que, nosotros como seres humanos, si queremos tener una mejor vida, debemos de aprender a alimentarnos para mantener una buena ¨salud bacteriana¨.


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  13. López Velázquez Nadia Saray
    Comparación entre especies de los genes del hospedero en asociación con el microbioma.

    Los microbios recubren la superficie del cuerpo humano en microbiomas altamente adaptados, la mayoría de los cuales son conformados por bacterias aunque también se encuentran arqueas y eucariotas en menores cantidades. Estas comunidades varían en la composición a través del cuerpo dependiendo de los nichos definidos química, física e inmunológicamente. Se ha comprobado que en animales criados en condiciones axénicas son fisiológicamente anormales de varias maneras.
    La biología humana y la salud asumen la presencia de un microbioma sano de tal manera que las interacciones con su hospedador generen resultados benéficos. Un ejemplo de esto son los microbios presentes en el intestino que extienden capacidades digestivas, producen vitaminas, degradan xenobióticos y resisten la colonización por patógenos. Una de las principales preocupaciones en el ser humano, surge de la influencia ejercida por factores ambientales, como la dieta, que puede alterar la composición y funcionamiento de la comunidad.
    Inicialmente la selección de genotipos de acogida que promuevan un microbioma benéfico es posible. La exploración del genoma mantiene la promesa de encontrar nuevas asociaciones entre genes del hospedador y el microbioma. De manera reciente se han realizado estudios que resaltan un selecto conjunto de taxones cuyas abundancias son en parte, genéticamente influenciadas así como los genes humanos implicados, la comparación entre diversos estudios muestran algunos de los mismos taxones en los que influye la genética del huésped.
    A manera general se ha dicho que los genes del hospedero asociados a la variación del microbioma están involucrados en la regulación inmune y la defensa de barrera.
    El hecho de relacionar la variación genética del hospedador con el microbioma, ha sido estudiado con gemelos durante décadas. Los primeros resultados de estudios en gemelos sugieren un efecto genético sobre la composición bruta del microbioma intestinal. Posteriormente con el uso de técnicas basadas en secuencias, se informa una tendencia similar aunque más débil.
    Las medidas cuantitativas del microbioma constituyen un rasgo complejo y novedoso en estudios de asociación genómica humana (GWAS). Las comparaciones con ratones pueden ser hechas para los estudios en humanos que estiman heredabilidades directas de taxones, aunque cabe considerar que la ventaja de los sistemas modelo reside en que las condiciones ambientales son controladas. Las estimaciones de heredabilidad tienden a ser mayores en promedio para los ratones, posiblemente por la misma variabilidad ambiental controlada. Sin embargo, algunos de los mismos taxones se identifican varias veces en todos los estudios.
    De la misma manera que en los mamíferos, el microbioma asociado a las plantas es ambientalmente adquirido y un proceso de selección se produce cuando la microbiota se reúne en sus superficies. Varios estudios dentro de una especie de planta han mostrado efectos sobre la composición genotípica del microbioma, de tal manera que los comportamientos de los taxones se ven influidos por los niveles de pH.
    Resulta sorprendente la relación de los factores ambientales con el microbioma, por lo que es importante conocer todos los que influyen en la composición del mismo y así poder regular en medida de lo posible sus funciones, como con la aplicación de una dieta sana por ejemplo.

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  14. Karen Claro Mendoza
    Los microbios se encuentran en todas partes de las superficies del cuerpo del ser humano. Las comunidades microbianas varían según las partes del cuerpo, dependiendo de los nichos definiendo física, química e inmunológicamente. Un claro ejemplo al que se acude para explicar esto es el del intestino humano y los microbios. La famosa Esterichia coli, por ejemplo, se encuentra comúnmente en el colón.
    La herabilidad es puno de los aspectos donde se estudia el impacto que tiene la genética del hospedero en la microbiotaem cuanto a la proporción. Para estos estudios, los gemelos han sido una valiosa herramienta. Otros aspectos como las asociaciones que se dan entre poblaciones de los microbiomas entre la Turicibacter ( relacionad con la inflamación y cáncer)o Akkermansia la cual se relaciona con el metatabolismo de la glucosa.
    Los hábitos alimenticios, condiciones de vida cómo estrés, etc, afectan a nuestro microbioma, por lo que si queremos tener una buena salud, debemos cuidar esos aspectos pequeños pero para nada insignificantes, es decir, debemos cuidar de nuestras bacterias.
    Debido a la gran importancia que tiene entender el microbioma tanto humano y de otros seres vivos como plantas y animales, sean desarrollado diversos proyectos. Por ejemplo los GWAS ( Genome-wide association study) y el HPM (Proyecto del microbioma humano). La tecnología del gen ribosolmal 16S también ha sido de gran ayuda.

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  15. Gariglio Rangel Aldo

    Cross-species comparisons of host genetic associations with the microbiome

    Se ha descubierto que el genotipo del anfitrión puede determinar la abundancia de taxones microbianos. El microbioma humano está dominado por bacterias, pero también hay presencia de arqueas y eucariontes. Sin dichos microorganismos no se podría consederar que cierto humano está plenamente sano.
    El microbioma del intestino realiza diversas funciones, entre las cuales está expandir las capacidades digestivas, aumentar el sistema inmune, producir vitaminas, degradar xenobióticos yresistir la coloniación por patógenos.

    Se ha visto que factores ambientales que inciden sobre los humanos, tales como la dieta, pueden influir profunda y rápidamente en la composición y función de las comunidades del microbioma.

    Un estudio reciente ha muestreado y caracterizado los microbiomas de gemelos, comparando los ribosomas 16S. Se observó que los gemelos idénticos presentaban un microbioma más parecido que el que se presenta entre gemelos cuates. Se muestra una importante influencia del medio en la determinación del microbioma, y el efecto de los genes del anfitrión sobre los huéspedes. También se puedo estimar la heredabilidad de muchos taxones individuales. El taxón con mayor heredabilidad es el Christensenellaceae, que tiene gran co-ocurrencia con otros taxones.

    El trasplante de algunas bacterias de microbiomas han mostrado que los genes del anfitrión pueden alterar su fenotipo a través del control de los componentes de su microbioma. Debido a las complicaciones derivadas de esta técnica, no se han obtenido sufieicntes resultados para extraer conclusiones significativas. Los microbiomas intestinales de diferentes poblaciones se pueden explicar por diferencias en las dietas; sin embargo, estas diferencias en dietas pueden a su vez estar explicadas por factores genéticos.

    Tanto en animales como en plantas, el microbioma se obtiene del ambiente.Existen muchos estudios en los que se prueba que el microbioma de las plantas depende del genotipo de la especie a la cual pertenecen. La forma en que se selecciona el microbioma deseado es todavía desconocida, sin embargo se sabe que depende en buena parte de las reacciones del sistema inmune, como pueden ser los cambios en pH, longitud del intestino, área de la superficie o tasa de peristalsis. Genes similares de inmunidad de encontraron en el microbioma de las Drosophila, los cuales influenciaron la nutrición de la misma Drosophila.

    El tipo de microbioma con el que cuenten los hospederos tiene importantes implicaciones en su vida cotidiana. En los humanos, por ejemplo, una bacteria es la responsable de producir la lactasa, enzima que al degradar la lactosa permite que los humanos la puedan consumir. Por otro lado, el género de bacterias Akkermansia está en abundancia en los humanos delgados. y se relaciona con la descomposición de la glucosa y un mejor metabolismo de la misma.

    Los factores medioambientales influyen en mayor medida en la determinación del microbioma intestinal que los genes del hospedero. Sin embargo, se ha descubierto que algunas bacterias y arqueas indispensables para la salud son heredables y asociadas con los genes del sistema inmunológico y de la dieta del hospedero.Estas interacciones son muy sensibles a la dieta, haciendo del microbioma intestinal un punto clave en los métodos terapéuticos del futuro.

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